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S’il est séduisant parce qu’il évite les ruptures de charge et permet de gagner du temps, le transport fluvio-maritime a ses limites. Parce qu’ils sont utilisés sur mer et sur fleuve, les navires ne sont spécialisés pour aucun de ces modes de transport. La capacité de transport du bateau sur mer est plus faible que celle d’un petit caboteur. Sur fleuve, le bateau est plus lourd qu’un navire spécialisé. Les frais de personnels sont également plus importants, car à l’équipage de marins, vient s’ajouter le coût d’un pilote fluvial.