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Dans la version de compromis du projet de loi de finances (PLF) pour 2025, adoptée le 31 janvier par une commission mixte paritaire (CMP), réunissant députés et sénateurs. projet de budget de l'Etat, les crédits de l'Agence bio, supprimés au Sénat, ont été rétablis, comme promis par le gouvernement. Toutefois, ce texte commun, validé à l'initiative de la coalition gouvernementale majoritaire au sein de cette CMP, doit être soumis à l'Assemblée lundi, avec l'utilisation probable du 49.3 par le Premier ministre François Bayrou, qui peut toujours l'amender jusqu'à la dernière minute. Le 27 janvier, la ministre de l'Agriculture Annie Genevard avait déclaré à l'AFP que le gouvernement ne supprimerait pas l'Agence bio, menacée de disparition après le vote mi-janvier au Sénat d'un amendement auquel elle ne s'était pas opposée. Le président de l'Agence bio s'était réjoui le 29 janvier de l'annonce de la ministre de l'Agriculture en faveur du maintien de cette plateforme, tout en soulignant qu'il fallait encore que cette pérennisation soit «concrétisée». «Il faut que ce soit concrétisé et gravé dans le marbre, quitte à ce qu'on regarde de façon plus large la mission de l'Agence bio et (...) peut-être, élargir ses missions», avait déclaré Jean Verdier, auditionné devant la commission du développement durable de l'Assemblée nationale.