Dans un rapport écrit en 2024 et présenté aux organisations professionnelles de fonctionnaires le 18 mars, le CGAAER alerte sur le « risque majeur », pour le ministère de l'Agriculture, de « ne pas disposer à moyen terme (cinq ans) des personnes en quantité et en compétences nécessaires ». Les auteurs du rapport indiquent notamment que le nombre de candidats par poste ouvert à la mobilité a baissé, passant de 1,28 à 0,83 entre 2020 et 2023. Parmi les raisons identifiées : un marché de l'emploi « dynamique », des attentes « différentes » des nouvelles générations, notamment vis-à-vis de la « garantie de l'emploi », une représentation « négative » de l'agriculture et de l'agroalimentaire, et une « mauvaise image de l'État employeur ». Dans le détail, ils identifient des difficultés anciennes qui s'aggravent chez les inspecteurs de santé publique vétérinaire et les techniciens supérieurs du ministère de l'Agriculture, mais aussi des signaux inquiétants pour recruter les CPE (enseignement) et les ingénieurs Agriculture et environnement (IAE). Parmi les recommandations, la première est de « prendre conscience » du problème, la seconde d'« organiser la fonction recrutement », puis de « communiquer » et d'améliorer les procédures de recrutement.
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