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Dans son discours sur «l'avenir de la recherche française», prononcé le 7 décembre, le président de la République a annoncé la transformation de plusieurs «grands organismes nationaux de recherche», dont l'Inrae, en «agences de programmes». Chaque agence aura pour charge de «participer à la définition de thématiques de recherche prioritaires, organiser la veille scientifique pour l'ensemble des chercheurs de son domaine de compétence, interagir avec les homologues européennes internationaux et veiller au développement des infrastructures de recherche». Les sept agences citées par le chef de l'État auront par ailleurs un «mandat fort et des moyens» pour «aller vers des recherches plus disruptives». L'Inrae est citée par Emmanuel Macron comme future agence du secteur «agriculture, alimentation durable, forêts, ressources naturelles». En marge d'une conférence de presse le 20 décembre, son p.-d.g. Philippe Mauguin se prépare à mettre en œuvre cette «agence de programme», prévoyant de premières réunions avec les autres acteurs de la recherche dans ces secteurs (instituts techniques agricoles, universités, écoles d'ingénieurs...) à partir de janvier-février. Remis en juin au gouvernement, le rapport Gillet recommandait la création de ces agences, qui seraient notamment en charge de Programmes nationaux de recherche (PNR), sur la base des Programmes et équipements prioritaires (PEPR) lancés dans le cadre de France 2030.