Dans un document annexe au Projet de loi de finances (PLF) pour 2020, le Haut conseil des biotechnologies (HCB) est évoqué comme une institution qui « a vocation à être supprimée ». Lors des débats à l’Assemblée autour de la mission Agriculture (Aafar) dans la nuit du 28 au 29 octobre, la possibilité que ses missions soient entièrement confiées à l’Anses a été évoquée par un député ; questionné en séance sur ce point, le ministre de l’Agriculture n’a pas répondu.
Dans une réponse écrite le 29 octobre, la direction du HCB confirme qu’une réflexion a été engagée « à l’automne 2018 par les ministères auprès desquels le HCB est placé sur les perspectives d’évolution de l’instance », mais qu'« à ce jour, le HCB n’a pas été informé qu’une solution d’évolution ait été arrêtée ». La perspective d’une suppression du HCB est dénoncée par la Confédération paysanne et plusieurs ONG (Greenpeace, FNE…) dans un communiqué le 29 octobre.
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Depuis quelques années, le Haut conseil est marqué par des démissions et la vacance de certains postes, notamment la présidence de l’un de ses deux comités. L’activité de la structure est d’ailleurs en baisse sur les trois derniers exercices : le coût de fonctionnement est passé de 416 000 euros à 284 000 euros entre 2016 et 2018.
En avril 2016, sept organisations agricoles ou environnementales avaient claqué la porte du HCB en l’accusant d’être aux mains de lobbyistes. Elles avaient quelques mois après saisi le Défenseur des droits pour « dysfonctionnements » sur le dossier des nouvelles techniques d’amélioration des plantes (NBT). Les Amis de la Terre, France Nature environnement, Greenpeace, l’Union nationale de l’apiculture française, la Confédération paysanne, la Fédération de l’agriculture biologique et le Réseau semences paysannes n’ont toujours pas réintégré le Comité économique éthique et social (CEES).