Les élections aux chambres d’agriculture ne fixent pas seulement l’importance respective des syndicats dans la représentation publique des agriculteurs – rien qu'au niveau national, à l'APCA, environ 200 désignations dans diverses institutions découlent de ces élections. Ce scrutin détermine aussi la répartition du « financement public des organisations syndicales d’exploitants agricoles », qui constitue une part importante des fonds publics versés aux syndicats agricoles – prépondérante chez les syndicats minoritaires – et dont les crédits sont inscrits au budget du ministère de l’Agriculture.
Le montant alloué à chaque syndicat est calculé en fonction de leurs scores respectifs en suffrages et en sièges sur l’ensemble des départements. Ce financement inclut donc en partie le principe de la prime au vainqueur inscrit dans l’attribution des sièges des chambres d'agriculture départementales – en effet, dans chaque département la liste majoritaire obtient d’emblée la moitié des sièges, les sièges restants sont répartis à la représentation proportionnelle. Aujourd'hui, l’équation du financement des syndicats donne trois fois plus de poids aux suffrages qu’aux sièges.
L'équation n'a pas toujours été celle-ci. Les sièges avaient davantage d'importance (autant que les suffrages), avant que Stéphane Le Foll ne révise la règle de calcul lors de son passage au ministère, rapporte la Confédération paysanne. Le syndicat minoritaire en a bénéficié. Il affirme avoir gagné un budget supplémentaire de 1,5 million d'euros grâce à ce changement de calcul. En 2017, elle a ainsi récolté 2,3 millions d'euros au titre du financement public des organisations syndicales. La Coordination rurale déclare elle 2,5 millions d'euros et le Modef 239 000 euros.
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De son côté, la FNSEA a déclaré un montant de 4,2 millions d’euros. Il s’agit logiquement du montant le plus important. Enfin, en 2016, les Jeunes agriculteurs ont déclaré 1,9 million d’euros. Soit un peu plus de 6 millions d'euros pour la liste majoritaire.
Le financement inclut en partie le principe de la prime au vainqueur inscrit dans l’attribution des sièges