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« L'Union examinera les implications de cette initiative sur l'ensemble des relations entre l'UE et la Suisse », a déclaré le 9 février la Commission de Bruxelles à l'issue de la votation populaire suisse approuvant à 50,3 % la limitation de l'immigration, notamment européenne, et obligeant le Conseil fédéral à revoir d'ici trois ans les traités internationaux en vigueur, en particulier l'accord de libre circulation avec l'Union entré en vigueur en 2002. Celui-ci étant remis en question, c'est l'ensemble des accords bilatéraux qui devrait être revu, en vertu d'une clause dite « guillotine ». L'accord bilatéral de 1999 sur l'agriculture est ainsi indirectement menacé.
Les entrepreneurs suisses, tout comme le gouvernement, avaient d'ailleurs clairement appelé à voter contre l'initiative du parti populiste UDC, compte tenu de ses conséquences économiques. L'avenir des accords entre les deux parties dépendra finalement en grande partie de l'interprétation que le gouvernement suisse fera de la votation du 9 février.