Réunis lors d’un point presse le 6 février, à l'invitation d'Alain Rousset, président du comité de bassin Adour-Garonne, les présidents des comités de bassin ont fait part de leurs inquiétudes sur l'avenir de la gouvernance de l’eau et la soutenabilité financière des politiques de gestion de l’eau. Ils redoutent que le projet de loi d'urgence agricole, dans ses mesures relatives à l’eau, n’affaiblisse leurs prérogatives. « Le piège serait d'opposer les questions agricoles aux questions de l'eau », a précisé Thierry Burlot, président du comité de bassin Loire-Bretagne, au média Actu-Environnement. Et de rappeler que les comités de bassin constituent, depuis 60 ans, des lieux de médiation, de concertation et d’élaboration des politiques de l’eau. Ces préoccupations ont été exprimées dans un courrier envoyé, le même jour, au Premier ministre Sébastien Lecornu. Les six comités de bassin y demandent le renforcement de leurs institutions comme instances politiques centrales de l’eau. Selon les comités, le projet de loi agricole pourrait revenir sur plusieurs leviers aujourd’hui pilotés localement, notamment les volumes de prélèvement pour l’irrigation, les projets de stockage ou encore les travaux sur les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (Sage), dont la suspension a été demandée aux instances de bassin.
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