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Un bon nombre d’amendements présentés par différents groupes politiques ont été refusés. A titre d’exemple, voici les principaux amendements du PS qui furent recalés : si l’autorité administrative s’écarte de l’avis du conseil des biotechnologies, sa décision doit être motivée ; la composition du conseil des biotechnologies doit être pluraliste et reflétant notamment « la diversité des points de vue de la communauté scientifique » ; tout exploitant cultivant des OGM doit effectuer une déclaration préalablement à la mise en culture précisant la localisation géographique exacte des cultures et les variétés OGM utilisées (ce registre est rendu public) ; un régime de responsabilité pour faute présumée est mis en place, avec souscription obligatoire à un contrat d’assurance pour l’agriculteur et pour le demandeur de l’autorisation de dissémination de l’OGM. L’UDF souhaitait également inscrire clairement dans la loi que les obtenteurs et producteurs de semences alimentent le fonds d’indemnisation des exploitants victimes d’indemnisation.