Diagnostic des sols : la guerre des indicateurs

L’idée a finalement résisté au vent de « simplification » qui souffle sur le ministère de l’Agriculture depuis quelques semaines. Tel qu’il a été envoyé au Conseil d’État, le projet de loi d’orientation agricole (LOA) prévoit bien de créer un diagnostic d’exploitations, dont un « module d’évaluation des principaux déterminants de la qualité et de la santé des sols ». L’horizon fixé par le gouvernement : 2026. La méthode, elle, reste encore très nébuleuse. Le diagnostic sera-t-il rendu obligatoire, conditionnera-t-il l’octroi de certaines aides ? Quels indicateurs seront retenus, pour quel coût ?

La question risque d’animer le Parlement cet été lors de l’examen du projet de loi. Ce ne sera pas la première fois que le sujet arrive sur les tables des parlementaires ces derniers mois. Une PPL (proposition de loi) « sols vivants », imposant entre autres un diagnostic décennal, a échoué le 15 février au Sénat. En octobre, le député Modem Richard Ramos avait également déposé un texte visant à imposer « pour toutes les cessions ou mise à bail » un diagnostic de santé des sols. L’UE n’est pas en reste. Une proposition de directive-cadre sur les sols a été présentée en juillet et les États membres espèrent finaliser une position d’ici à juin.

Cet intérêt croissant des politiques intervient dans un marché dont l’offre est certes en plein renouveau, notamment avec l’émergence des analyses de vie du sol, mais controversée, et encore largement boudée dans les exploitations. Notre enquête.

Dans la plaine, les analyses de sol n’ont pas vraiment le vent en poupe. « Les agriculteurs font de moins en moins d’analyses de sol, regrette Laurent Varvoux, en charge de l’amélioration de la fertilité des sols chez Terrena. Certains n’y pensent même pas. La majorité en réalise, quatre ou cinq par an. Mais les fermes s’agrandissent progressivement et les analyses de sol, elles, n’augmentent pas. » Terrena, coopérative rassemblant plus de 20 000 agriculteurs, fait réaliser près de 10 000 analyses de sol chaque année, un chiffre en stagnation. « On serait à même de doubler le nombre d’analyses pour couvrir les besoins réels », juge-t-il. Le numéro un des labos, Auréa, estime entre 20 % et 30 % la part d’agriculteurs qui font régulièrement des prélèvements.

« Leur motivation est d’assurer de bons rendements, rappelle Matthieu Valé, responsable scientifique du pôle Agriculture. Ce n’est pas d’améliorer l’état des sols, d’envisager le prix du foncier. » Et pour l’heure, le coût des analyses n’apparaît pas comme un frein aux analyses. À l’échelle de la parcelle, le diagnostic physico-chimique (granulométrie, pH, calcaire, carbone, nutriments) revient à une centaine d’euros. Soit entre 3 euros et 4 euros à l’hectare et un budget de 300 euros à 350 euros par exploitation, selon les chiffres d’Auréa.

Mais ces frais peuvent vite grimper en ajoutant l’analyse biologique (matière organique), qui se développe depuis quelques années pour répondre à certaines ambitions environnementales. « Un diagnostic complet, incluant analyse classique et analyse de biodiversité (piégeage, ADN, contaminants organiques) reviendrait à 6 000 euros », indique Pierre Renault, directeur scientifique adjoint Environnement à l’Inrae. Peu d’agriculteurs ont recours à ce type de service, plus récent. D’autant que des voix s’élèvent contre certaines offres.

Des « échanges musclés » sur la HVE

Outil complémentaire du physico-chimique, l’analyse biologique fait figure de progrès pour mieux comprendre la productivité des sols, mais certaines méthodes sont parfois contestées. Une « guerre des thermomètres » a lieu entre les diagnostics de sol, a même alerté lors de son audition au Sénat Lionel Ranjard. Et de souligner « un besoin de clarté ». Certains outils n’ont aucune valeur, d’après le scientifique de l’Inrae.

Le secteur des analyses biologique est traversé par plusieurs controverses. La première porte sur la technologie utilisée. En janvier 2023, la certification environnementale (HVE) s’est adjoint un indicateur de qualité biologique du sol. L’analyse de la biomasse moléculaire microbienne a été retenue pour l’évaluer, au détriment de l’analyse par fumigation. Ce choix a valu « des échanges musclés » en commission, se souvient Laurent Brault, responsable de développement de la HVE. Le ministère de la Transition écologique défendait l’analyse moléculaire, à ses yeux plus moderne et plus robuste. « Au contraire, des études ont montré qu’elle est moins robuste », oppose le directeur général de Celesta-lab Thibaut Déplanche, citant les travaux de l’Ademe et Arvalis. Quant aux critiques sur la fumigation utilisant des produits toxiques comme le chloroforme, elles sont de « mauvaise foi », selon lui : « Les techniques ADN nécessitent aussi des réactifs chimiques. »

Pour confronter les points de vue, des lieux d’échanges existent. À l’instar du Comifer, qui rassemble les experts de la fertilité des sols venant de la recherche, l’administration, les organisations professionnelles agricoles, l’industrie, la distribution, les services. Même en travaillant de concert, des chantiers achoppent. Exemple, quand le Comifer a voulu définir ce qu’est un bon taux de matière organique. « On n’a pas su trancher, raconte Matthieu Valé, un des animateurs de l’association. Tel taux de matière organique peut être bon pour la structure du sol, moins pour d’autres fonctions (rétention d’eau, minéralisation, etc.). Difficile de fixer un seuil. L’important est moins la valeur à un instant T que la courbe d’évolution. »

Avoir des indicateurs n’est pas le tout. Encore faut-il pouvoir les interpréter. C’est l’inquiétant constat fait au sein du Réseau national d’expertise scientifique et technique sur les sols (Rnest), chargé d’éclairer les choix politiques. « Tout bon diagnostic nécessite plusieurs indicateurs pertinents scientifiquement, opérationnels sur le terrain. Mais avec aussi un référentiel d’interprétation. Or, certains indicateurs n’en ont pas et manquent de données », estime un animateur, Flavien Poinçot (Acta).

Un besoin de faire le tri

Des travaux sont menés pour y voir clair. Le besoin est criant. « Il y a pléthore d’indicateurs de santé et qualité biologique des sols, souligne Christine Le Souder, ingénieur Arvalis spécialisée en fertilisation, gestion durable des sols. Leur nombre a explosé ces dernières années, permettant de connaître la quantité de biomasse microbienne, la diversité des bactéries et champignons dans les parcelles. Un tas de valeurs sont ainsi disponibles. Mais reste à pouvoir les interpréter : l’agriculteur ne sait pas comment s’en servir. »

Charge à la communauté scientifique (chercheurs, laboratoires, instituts techniques, chambre d’agriculture) d’établir des valeurs souhaitables pour chaque indicateur. Tous ne se valent pas. Le projet Microbioterre, piloté jusqu’en 2022 par l’institut Arvalis, a permis de faire le tri en grandes cultures et polyculture élevage. Seuls 12 des 25 indicateurs étudiés ont été retenus, les autres ne permettant pas de caractériser la fertilité du sol. Un guide d’interprétation des résultats d’analyse a pu être bâti.

Surfant sur cette vague d’indicateurs, diverses notations de la qualité du sol ont vu le jour. Parfois en utilisant des bases de données mais sans aucun prélèvement de terre. D’où l’inquiétude exprimée au Sénat par Lionel Ranjard sur une « guerre entre mesure et simulation ». Interrogé par Agra Presse, l’écologue de l’Inrae pointe un manque de connaissance pour simuler la biodiversité. Et de critiquer notamment Planet-score.

Cet affichage environnemental permet aux industriels – quelques agriculteurs l’utilisent aussi – de noter leurs produits de A à E, la qualité du sol intervenant sur le critère biodiversité, sans se déplacer sur chaque exploitation. « Notre méthodologie repose sur de nombreux travaux scientifiques, qui documentent la biodiversité des sols à partir de mesures réelles dans les fermes, répond Sabine Bonnot, présidente de l’entreprise à mission. On établit des modèles pour qualifier l’impact des pratiques culturales (travail du sol, couverts végétaux, gestion des intrants, diversité des assolements…) et des aménagements parcellaires. »

Sous le feu des critiques dans le monde scientifique, il y a aussi Genesis (ex-Greenback). La start-up propose une notation des sols qui s’appuie à la fois sur des prélèvements dans les fermes concernées, et des banques de données. Trois types d’indicateurs sont mesurés : le carbone, la biodiversité, la pollution. Ces informations sont ensuite croisées avec des données contextuelles, notamment issues des satellites pour identifier l’environnement global du sol (géologie, climat, pratiques culturales…). À l’aide de l’intelligence artificielle et de modèles prédictifs, Genesis établit un pourcentage de terres en bonne ou mauvaise santé. Cette approche originale lui vaut des critiques « liées au fait qu’on n’est pas du sérail », estime la cofondatrice Adrienne de Malleray.