Le traité de Nice a prévula procédure suivante pour la désignation des commissaires: « Le Conseil, statuant à la majorité qualifiée et d’un commun accord avec le président désigné, adopte la liste des autres personnalités qu’il envisage de nommer membres de la Commission, établie conformément aux propositions faites par chaque Etat membre. Le président et les autres membres de la Commission ainsi désignés sont soumis, en tant que collège, à un vote d’approbation par le Parlement européen. Après l’approbation du Parlement européen, le président et les autres membres de la Commission sont nommés par le Conseil, statuant à la majorité qualifiée ». En 1984, 1988 et 1992, le Conseil européen avait soumis la désignation de Jacques Delors à la consultation du Bureau élargi du Parlement européen. Mais le Parlement émettait toutefois un « vote de confiance » depuis la Commission Thorn en 1981. Le traité de Maastricht a consacré cette procédure d’« investiture » en stipulant que le Conseil européen devait consulter l’assemblée et non plus son « Bureau élargi » sur le choix du président et que l’ensemble du collège devait faire l’objet d’un vote d’investiture. Le traité de Maastricht a également harmonisé la durée du mandat de la Commission, portée de 4 à 5 ans, avec la durée de la législature de sorte que l’approbation du président de la Commission et du collège constituent désormais les premières grandes tâches politiques de toute nouvelle législature.
Le 21 juillet 1994, la désignation de Jacques Santer avait été soutenue par 260 voix pour, 238 contre et 23 abstentions. Les commissions parlementaires ont ensuite procédé pour la première fois à des auditions individuelles des candidats commissaires. Puis l’Assemblée a entériné la composition du collège en janvier 1995 par 417 voix pour et 104 contre.
Le traité d’Amsterdam a, à nouveau, renforcé le rôle du Parlement européen en lui conférant non plus un rôle consultatif sur la personne du président désigné mais un vote d’approbation, comme pour le collège. C’est déjà dans cet esprit que la désignation de Romano Prodi à la présidence de la Commission européenne, suite à la démission de la Commission Santer, a été approuvée par le Parlement européen le 5 mai 1999 : 392 voix pour, 72 contre et 41 abstentions. Après les auditions individuelles, l’ensemble de la Commission Prodi a été investie lors d’un vote le 15 septembre 1999: 404 voix pour, 153 contre et 37 abstentions (il s’agit ici du vote portant sur le mandat 2000-2005.
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Le traité d’Amsterdam renforçait aussi le rôle du président de la Commission dans le choix des autres commissaires désormais désignés « d’un commun accord avec lui » par le Conseil.
Le traité de Nice a ensuite introduit, au sein du Conseil européen, la possibilité de désigner le président de la Commission et de nommer l’ensemble du collège à la majorité qualifiée et non plus par consensus.
Quant au traité constitutionnel approuvé par le Conseil européen le 18 juin dernier, il prévoit qu’à l’avenir, le président de la Commission sera désigné « en tenant compte » du résultat des élections européennes et qu’il devra être approuvé non plus à la majorité simple par le Parlement européen mais à la majorité des membres inscrits. En cas de rejet, un nouveau candidat devrait être présenté par le Conseil européen dans un délai d’un mois. En attendant l’entrée en vigueur de ce texte, les traités actuels ne prévoient pas de dispositions ou de procédures particulières en cas de rejet.