Dans le cadre de son projet de « transformation », la FNSEA va présenter son premier chantier, celui du « recalcul de la cotisation », lors de son congrès 2026 à Caen (Calvados), les 31 mars, 1er et 2 avril, a indiqué Arnaud Rousseau le 17 mars lors d'un point avec la presse. Plusieurs pistes avaient été évoquées l'été dernier. Parmi elles : des cotisations variables, pour les agriculteurs comme pour les FDSEA, en fonction des services proposés, avait évoqué Yohann Barbe, en charge du dossier. « Nous ne voulons pas d'un modèle de cotisation à 75 €, a toutefois prévenu Arnaud Rousseau, en référence aux tarifs d'un syndicat concurrent. À ce tarif, nous ne pouvons pas rémunérer des spécialistes. Nous estimons que nos services valent davantage. »
À l'issue du congrès, où le Seine-et-Marnais se présente à sa succession, il prévoit de lancer une « réforme de la gouvernance », portant notamment sur les droits des fédérations départementales. « De plus en plus de fédérations départementales n'arrivent pas à se mettre à jour de leurs cotisations, ce qui ne leur permet pas d'envoyer des administrateurs à la FNSEA, explique Arnaud Rousseau. Je ne veux pas d'une FNSEA à deux vitesses. » Les fédérations départementales peuvent envoyer des représentants au titre de la représentation régionale, qui pèse 30 sièges au conseil d'administration, répartis par région (trois places pour l'Occitanie, par exemple).
Les travaux sur les cotisations et la gouvernance sont deux des six axes du projet « Réseau FNSEA Transformation », lancé en 2024 dans la continuité de « FNSEA 2025 » (démarré en 2019). Un autre axe sur la communication devait aussi aboutir au congrès 2026, avec l'objectif de « s'adresser directement aux agriculteurs » et non plus aux seuls adhérents. Les autres axes sont les suivants : influence, stratégie RH pour l'ensemble du réseau et organisation des différents échelons.