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En 2002, 408 molécules différentes ont été recherchées dans les eaux de surface, et 49% d’entre elles ont été quantifiées au moins une fois. Sur les 373 molécules recherchées dans les eaux souterraines, un tiers ont été détectées. L’essentiel de la pollution est toutefois le fait d’une dizaine de molécules, dont principalement des herbicides de la famille des triazines, qui sont le plus fréquemment mesurées : atrazine, simazine, atrazine déséthyl, terbuthylazine, diuron, atrazine déisopropyl, isoproturon, chlortoluron, cyanazine, alachlore, métolachlore, linuron, trifluraline etc... L’Ifen remarque un décalage entre les substances recherchées par la France, et celles jugées prioritaires par Bruxelles : ainsi 3 des 10 substances prioritaires au titre de la directive-cadre sur l’eau adoptée en l’an 2000 ne sont pas présentes parmi les 15 molécules les plus recherchées dans les eaux superficielles de l’hexagone. Il s’agit de 3 insecticides : chlorfenvinphos, chlorpyriphos-éthyl, endosulfan alpha. De même, pour les eaux souterraines, 4 des 10 substances prioritaires à l’échelle européenne ne figurent pas parmi les 15 molécules les plus recherchées : chlorfenvinphos, chlorpyriphos-éthyl, trifluraline, endosulfan alpha.
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