L’Inra au Salon : à la découverte des différents mondes microbiens

Connaître les innombrables et très divers microorganismes permet de savoir lesquels sont des alliés et lesquels sont à contourner ou à combattre. Ce fourmillement utile au sol, au bétail et à la santé humaine sera exposé par l’Inra au Salon 2017 sur son stand, dans ses conférences et dans son colloque annuel. « Nous serons dans l’ambiance du microscope », a commenté Philippe Mauguin, avant d’évoquer les débouchés concrets à attendre de ces connaissances. « L’œuvre des microorganismes (bactéries, champignons, levures, algues) est un peu connue à propos du vin et du fromage, mais peu connue à propos de la digestion et encore moins à propos du sol. Or ce sont ces agents actifs qui déterminent les bioagressions des plantes et aussi leurs défenses », a-t-il résumé, avant de céder la parole à trois chercheurs de l’Inra.

La découverte récente des microorganismes amis dans le sol

Philippe Lemanceau, directeur de l’unité de recherche d’agroécologie à Dijon, et spécialiste de la vie microbienne des sols, a montré aux journalistes un bocal de terre issue du sol de son jardin, en indiquant que sous l’apparence inerte de cette terre, fourmillent 100 milliards de bactéries, de milliers d’espèces différentes. « Jusqu’à un passé récent, on avait une vue tronquée de la biodiversité du sol ». « Nous n’avions accès qu’aux microorganismes cultivables, dont on réalise maintenant qu’ils ne représentent que 0,1 % à 10 % de la biodiversité. L’uniformisation des cultures, la réduction de la diversité végétale et la sélection de génotypes végétaux en situations très fertiles ont pu minimiser l’importance de ces alliés », a-t-il précisé. Les microorganismes « ont tissé depuis 400 millions d’années un réseau d’interactions qui modifient l’activité des plantes. La plante seule n’existe pas, elle est associée à tel ou tel microorganisme ». Les données concernant ces micro-organismes sont si nombreuses qu’il faudra recourir au big data pour faire des diagnostics dans les champs. Jusque là, l’agronomie disposait de référentiels physico-chimiques beaucoup moins complexes. Certains microorganismes ont une fonction de capture de gaz à effet de serre, d’autres de biodégradation de phytos ou de polluants, surtout si le sol retient l’eau, a cité le chercheur. L’unité mixte de recherche d’agroécologie à Dijon a créé Génosol, un centre de ressources génétiques, pour la collecte et la caractérisation de l’ADN des microorganismes des sols. Ce centre détient 14 000 échantillons, avec une croissance de 1 500 nouveaux par an.

On commence à entrevoir les activités que vont entraîner toutes ces connaissances : d’abord des produits de traitement des plantes mieux adaptés, c’est-à-dire qui ne détruisent pas tous les microorganismes ; ensuite des solutions de biocontrôle plus efficaces en jouant sur les microorganismes « amis » ; une fertilisation qui peut être « déléguée » à certaines bactéries telles les rhizobia qui fixent l’azote de l’air ou à des champignons qui améliorent la nutrition phosphorée des plantes ; analyses de sols beaucoup plus fines et aides à la décision beaucoup plus personnalisées aux agriculteurs. Sans compter qu’il faudra aussi « former les formateurs de demain » dans les lycées et les écoles d’agronomie, a précisé Philippe Mauguin. Une retombée de ces connaissances plus adaptées à tel sol est qu’elles vont « remettre l’agriculteur au cœur de sa décision », a complété Philippe Lemanceau.

Tube digestif animal : stratégique pour l’approvisionnement en protéines et la santé humaine

Les microorganismes du sol ne sont qu’une facette du monde microbien. Ceux du tube digestif animal concernent tout un domaine, qui va de la santé animale à l’étude de la transmission des maladies animales à l’homme en passant par les travaux visant à optimiser la consommation d’aliments du bétail et à réduire les déjections. « Sur 1 400 pathogènes affectant l’homme, 60 % sont partagés par l’animal », a indiqué Thierry Pineau, chef du département de santé animale à l’Inra. Or, « le rythme de l’émergence de maladies s’accélère ». La politique de la santé animale est impliquée dans l’épineux problème de la résistance aux antibiotiques, a souligné Thierry Pineau. Réduire l’emploi des antibiotiques dans les élevages est un impératif. La connaissance du fonctionnement du tube digestif et des microorganismes qu’il héberge est donc stratégique. De même, l’assimilation des protéines par le bétail a des conséquences sur l’approvisionnement mondial en protéines. En marge de la conférence de presse, Thierry Pineau a évoqué une solution mise en œuvre par une petite entreprise marnaise, appelé Multifolia, qui produit 3 000 tonnes de comprimés de sainfoin par an, ce fourrage étant produit localement, qui contient des tanins. Ces tanins combattent des parasites du rumen des ovins et des caprins qui affaiblissent ces animaux.

Le lien entre l’intestin et l’alimentation

Enfin les microorganismes de l’intestin humain, qui représentent 100 000 milliards de bactéries par individu de 200 espèces différentes et 600 000 gènes (contre 23 000 gènes pour l’ADN humain), sont un objet de recherche de l’Inra au niveau international, a indiqué Joël Doré, directeur de recherche à l’unité de microbiologie de l’alimentation. Ce sujet au carrefour de l’aliment et du corps humain, « permettra sans doute de mieux appréhender le lien entre l’alimentation et la santé humaine ». « Nous avons des éléments prouvant, au-delà du sens commun qui recommande une alimentation variée, la relation entre une alimentation diversifiée et la santé ». Un apport de fibres suffisant a une incidence, par sa proportion dans l’alimentation, mais surtout par ses qualités diverses. La connaissance du biotope intestinal humain ouvre donc la perspective d’une alimentation plus diversifiée, et à une multiplication des niches de marchés alimentaire, et au bout du compte à une diversification des cultures.

« Jusqu’à un passé récent, on avait une vue tronquée de la biodiversité du sol. Nous n’avions accès qu’aux microorganismes cultivables, qui représentent moins de 10 % de la biodiversité »