Les deux principaux syndicats minoritaires, la Coordination rurale et la Confédération paysanne, ont tous les deux réagi au projet gouvernemental d’aligner la fiscalité des biocarburants sur celle des carburants fossiles. Mais chacun de manière opposée.
La Coordination rurale et son organisation affiliée, l’Organisation des producteurs de grains (OPG) disent avoir « annoncé de longue date » que l’État réduirait son soutien à la filière via la défiscalisation, indique-t-elle dans un communiqué publié le 1 er octobre. Les conséquences risquent d’être « catastrophiques pour les agriculteurs qui se sont engagés dans ces productions » : dès 2009 une baisse du prix à la production de 35 euros par tonne de blé, de 37 euros par tonne de maïs et de colza et 10 euros par tonne de betterave. La CR et l’OPG, « qui avaient bien identifié dès 2004 le problème de rentabilité des débouchés bioéthanol pour les agriculteurs, ont vu leurs positions raisonnables systématiquement contestées par les appareils économiques et syndicaux majoritaires ».
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La Confédération paysanne quant à elle espère voir que les pouvoirs publics ont « enfin pris la mesure de l’imposture ». Pour elle, la production d’agrocarburants « ne répond pas aux deux objectifs qui leurs sont officiellement assignés », à savoir l’amélioration de l’indépendance énergétique et la diminution des émissions de gaz à effet de serre des transports routiers. Elle ajoute que deux études publiées récemment, l’une par l’École nationale supérieure des mines de Paris, et l’autre réalisée sous l’égide de l’Ademe (Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie), par le bureau d’études Bio IS, « démontrent sans ambiguïté le caractère fallacieux » de l’étude Ademe-Direm 2002.