La Commission a adopté en décembre 2004 une décision finale positive autorisant des aides d’état d’environ 829 millions d’euros octroyées dans le cadre du Service public d’équarrissage (SPE) entre 1997 et 2002. Ces aides permettaient aux entreprises d’équarrissage d’enlever et détruire, gratuitement, les animaux trouvés morts dans les fermes ainsi que les déchets d’abattoirs interdits à la consommation humaine. L’autorisation de l’aide est toutefois soumise à la condition que la France procède au remboursement total de la partie de la taxe ayant frappé les viandes importées entre 1997 et 2000. Une aide en faveur de certains commerces de viande, consistant en une exemption de la taxe sur les achats de viande, est considérée incompatible avec les règles de concurrence et doit être remboursée.
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Pendant la période allant du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002, le financement des aides n’a pas été considéré irrégulier par la Commission, car, même si la taxe frappait toujours les importations, le produit de la taxe a été directement affecté au budget général de l’État. Une telle budgétisation rompt tout lien entre la taxe et le financement des actions du service public.