La plainte de l’OPG déposée le 7 janvier 1999 avec constitution de partie civile contre X pour abus de confiance, abus de biens sociaux, faux et usage de faux, complicité et recel. La plainte liste un certains nombres de « présomptions d’infractions pénales qui découlent des constations de la Cour des comptes ».
La première infraction supposée repose sur les lien entre Unigrains et ITCF. Les dirigeants de l’ITCF (qui sont aussi ceux d’Unigrains) ont utilisé les fonds qui leur ont été confiés et dont ils n’ont pas la propriété à un usage autre que celui pour lequel ils ont reçu mandat ». Pour l’OPG, il s’agit d’abus de confiance. Le versement d’une partie des recette parafiscales de l’ITCF à l’AGPM et la FNAMS pour effectuer des recherches techniques suit la même logique. Pour François Gilles Le Theule, directeur de l’AGPM, ces versements s’expliquaient à l’époque parce que l’AGPM avait aussi un rôle d’institut technique. «L’AGPM technique a été créé en décembre 2000 afin d’assurer une meilleure lisibilité».
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La plainte porte aussi sur les relations contractuelles entre l’ITCF et la SARL LEPAF, filiale de l’AGPB. Les loyers versés à la SARL LEPAF par l’ITCF ont triplé pour atteindre environ 800 000 F. Parallèlement le président de l’ITCF répond en 1998 que la «société LEPAF ne s’est pas enrichie». L’OPG pose la question du devenir de ces sommes. Elle estime que l’ITCF est présumée «dilapider les fonds publics».
Par ailleurs, Unigrains a versé des subventions à la CFA rétribuant des études techniques «de très faibles qualités». Ces faits sont passibles d’abus de confiance. Les subventions de la CNE sont d’une autre nature. Unigrains a versé des subventions à la CNE dont une partie a été reversée à la FNSEA. Dans la mesure où le président d’Unigrains est aussi vice-président de la FNSEA, «il y a présomption d’abus de biens sociaux».