Dans un rapport paru le 6 mars, la Cour des comptes recommande un meilleur suivi des politiques de soutien à la production de biogaz, qu'il s'agisse de la rentabilité des unités, jugée parfois « excessive », de l'avenir des réseaux, des disponibilités de biomasse ou des effets sur les pratiques agricoles. Parmi leurs recommandations, les Sages de la rue Cambon proposent d'organiser un « contrôle périodique des coûts et de la rentabilité des installations » soutenues ; selon les calculs de la Cour, la médiane des taux de rentabilité internet (avant impôt, subventions comprises) atteindrait 16,9 %. Elle demande aussi au gouvernement d'affiner ses prévisions de consommation de gaz, afin de mieux évaluer l'avenir du réseau de gaz et le coût de son entretien. Dans la même veine, la Cour des comptes demande un suivi des effets de la méthanisation sur les pratiques agricoles, et un traçage plus fin des intrants. Dans le cas particulier des unités de cogénération, la Cour des comptes demande une révision des soutiens publics au regard d'une « évaluation actualisée des bénéfices associés » ; sans remettre en question le bilan carbone « positif » du biogaz – qui peut toutefois varier selon les pratiques –, la Cour estime que le soutien à la production d'électricité à partir de biogaz ne se justifie qu'au titre de la décarbonation du secteur, et doit être mieux « explicité ».
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