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Après que Marc Fesneau a annoncé au congrès de la FNSEA sa volonté de revenir sur la procédure d'interdiction de l'herbicide S-metolachlore engagée par l'Anses, l'ONG Générations Futures avait immédiatement dénoncé un «scandale en matière de protection de la santé publique et de l'environnement» alors que l'Agence européenne des produits chimiques (Echa) a classé cet herbicide comme «substance cancérigène suspectée» en juin dernier. Plusieurs élus socialistes et écologistes ont déploré une atteinte à l'indépendance de l'Anses. L'eurodéputé (Renaissance) Pascal Canfin, cité par Le Monde, a souligné que la science était «maintenant très claire concernant cet herbicide» et que la priorité était «de travailler aux alternatives pour les agriculteurs, pas de mener des combats du passé». Le 29 mars, devant le congrès du syndicat agricole majoritaire, la FNSEA, le ministre avait annoncé avoir demandé à l'Anses de revenir sur sa volonté d'interdire les principaux usages du S-métolachlore. L'Anses, mandatée pour évaluer et autoriser ou non les pesticides, avait annoncé le 15 février engager une procédure de retrait concernant cet herbicide. «Je ne serai pas le ministre qui abandonnera des décisions stratégiques pour notre souveraineté alimentaire à la seule appréciation d'une agence».