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A l'occasion de l'examen des dépenses agricoles du projet de finances (PLF) pour 2025, les 17 et 18 janvier, les sénateurs ont adopté, avec avis de sagesse du gouvernement, un amendement du sénateur LR Laurent Duplomb visant à supprimer l'Agence bio et transférer ses missions au sein de FranceAgrimer ou au ministère de l'Agriculture. Il espère ainsi dégager 3 millions d'euros (les dépenses de l'agence étaient de 4 millions d'euros en 2022), sans préciser comment. La ministre a qualifié la proposition du sénateur de «tout à fait pertinente», lui indiquant toutefois son souhaite d'en discuter au préalable avec les intéressés: «Si je peux approuver le principe de l'internalisation, il faut tout de même que l'on travaille avec les acteurs pour la rendre opérationnelle. Il y a besoin de préparer l'atterrissage, c'est une question de meilleure acceptation». La ministre a ainsi souhaité les «convaincre que leurs missions continueront d'être exercées dans de bonnes conditions». Interrogé par Ouest France, le président de l'Agence bio Jean Verdier a fait part de sa surprise: « Nous sommes surpris et abasourdis. Surtout quand on voit l’efficience de notre structure avec seulement une vingtaine de personnes.» À l'occasion de son discours de politique générale le 14 janvier, le nouveau Premier ministre François Bayrou s'était s'interrogé sur la place des «plus de 1000 agences, organes et opérateurs», qui agissent selon lui «sans contrôle démocratique» et «constituent un labyrinthe».