Santé animale Bactériophages : une alternative aux antibiotiques ?

Les bactériophages, ou plus simplement phages, sont des virus qui s'attaquent exclusivement aux bactéries. Ils ont été dès les années 1920 utilisés en médecine humaine, avant la découverte des antibiotiques ; cette « phagothérapie » perdure dans les pays de l'est de l'Europe, notamment en Russie et en Géorgie. En Europe de l'Ouest et aux États-Unis, on a préféré miser sur les antibiotiques. Et avec succès. Ces molécules faciles à fabriquer, stables et peu coûteuses, ont fait augmenter de 10 ans l'espérance de vie humaine ! Seulement, l'antibiothérapie touche aujourd'hui à ses limites. Les bactéries, comme tout être vivant, évoluent et, au contact des antibiotiques, elles ont développé des résistances à ces médicaments. Résistances de plus en plus nombreuses à tel point que certaines souches (sous-espèces de bactéries) ne trouvent plus aucune thérapie efficace contre elles. C'est ainsi que, selon l'Agence européenne du médicament, 25 000 personnes meurent chaque année en Europe à cause de bactéries multirésistantes. Les médecines européenne et américaine se tournent donc à nouveau vers les bactériophages. Des praticiens français vont se fournir dans les pharmacies russes pour soigner leurs patients en situation d'impasse thérapeutique et plusieurs laboratoires travaillent à développer de nouvelles phagothérapies. Un essai clinique, PhagoBurn, vient d'être lancé pour tester cette stratégie sur les plaies de grands brûlés, particulièrement sujets aux infections.

Les vétérinaires intéressés

Côté vétérinaire, la recherche est plus balbutiante, mais l'intérêt croissant. « Les animaux de production sont aussi concernés par les bactéries résistantes aux antibiotiques. L'espèce bactérienne la plus concernée est Escherichia coli (E.coli), et dans une moindre mesure, le staphylocoque doré, suivi des salmonelles et des campylobacter », explique Jean-Yves Madec, spécialiste des antibiorésistances à l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). Mais, avant de remplacer les antibiotiques par ces virus, quelques précautions sont nécessaires, comme le souligne Marie-Agnès Petit, spécialiste de la dynamique des génomes de bactériophages, à l'Inra : « Environ 50 % des phages sont dits virulents : ils infectent une bactérie, s'y multiplient puis la détruisent. Mais les autres sont tempérés, c'est-à-dire qu'ils peuvent rester dans une cellule infectée sans la tuer, et éventuellement y produire des toxines qui peuvent être dangereuses. L'autre risque est ce qu'on appelle le transfert horizontal : en quittant une bactérie, les phages peuvent emmener une partie de son ADN et le transmettre à une prochaine bactérie qu'ils vont infecter. S'ils transmettent un gène de résistance à un antibiotique, ils peuvent répandre cette résistance. On connaît l'existence de ces phénomènes de façon générale. Mon travail consiste à affiner ces connaissances et mesurer l'ampleur de ces risques pour chaque phage individuellement. » Catherine Schouler et ses collègues de l'Inra participent de leur côté à un projet intitulé Antibiophage, financé dans le cadre du programme européen pour la santé et le bien-être animal. « Il s'agit d'étudier des phages actifs contre E. coli, responsable de la pathologie bactérienne la plus importante dans les élevages avicoles : la colibacillose, explique-t-elle. Nous allons isoler des phages à partir de l'environnement, les sélectionner pour distinguer ceux qui s'attaquent à des bactéries résistantes ou non, les caractériser afin de ne retenir que les virulents, puis vérifier, chez des volailles, leur innocuité ainsi que leur efficacité, en association ou non avec des antibiotiques. »

Des entités instables

Quand de tels médicaments apparaîtront-ils sur le marché ? Impossible à dire, avoue Catherine Schouler. Un produit présenté comme un cocktail de bactériophages destiné à l'élevage aviaire, Biotector S1, est déjà commercialisé en Chine. Mais Catherine Schouler ne se dit pas prête à en faire la publicité, ne sachant pas de quoi il est constitué et les allégations du produit ne reposant pas sur des résultats scientifiques fiables et vérifiables. Pour Marie-Agnès Petit, la phagothérapie ne pourra pas devenir une stratégie à grande échelle, car elle n'est pas sans risque : « Les phages sont vivants donc instables, ils ne fonctionnent pas à tous les coups. Les bactéries développent également des résistances contre eux, même si les phages peuvent à leur tour évoluer pour contrer ces résistances. » La chercheure croit néanmoins en un recours « au cas par cas, quand on n'a pas d'autre solution. Et il est important de travailler dessus ». On peut aussi compter sur un recul des résistances aux antibiotiques, amorcé depuis 2010, avant le plan national EcoAntibio de 2011, « ce qui montre que les professionnels sont responsables et prêts à changer leurs pratiques, note Jean-Yves Madec. Les ventes d'antibiotiques à usage vétérinaire diminuent depuis 15 ans, et avec des résultats spectaculaires dans la filière volailles mais aussi porcine ». Ainsi, le taux de E. coli résistantes aux céphalosporines de 3e et 4e générations est passé de 22,5 à 9,8 % entre 2010 et 2013.