De plus en plus, les mesures de politique agricole passent par des dispositifs généraux, comme des baisses ou exonération d'impôts ou de charges sociales. La part des subventions directes se réduit au profit d'exonérations générales. C'est le cas ces deux dernières années avec l'application du pacte de responsabilité et du CICE (Crédit d'impôt compétitivité emploi). Ce fut le cas pour une bonne part des mesures de soutien aux éleveurs. Autre exemple, quand il s'agit de soutenir des investissements comme les méthaniseurs, ce n'est pas une subvention qu'on accorde mais un allègement d'impôt. Quant aux subventions, elles sont de plus en plus financées par l'Europe, via le fameux second pilier de la PAC et demain via les régions.

Qu'est-ce que cela implique ? D'abord, les mesures d'ordre général ne s'appliquent pas toujours bien aux acteurs souvent spécifiques que sont les exploitations ou organisations agricoles. L'exemple type est celui des coopératives. Ne payant pas d'impôt sur le bénéfice, elles ne bénéficient pas du CICE. Le ministère a donc été incité à mettre en place un dispositif d'allègement presque équivalent à celui du CICE pour les coopératives.

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En second lieu, des mesures financées par d'autres budgets que celui du ministère de l'Agriculture peuvent impliquer, à moyen terme, un changement dans la nature de ses missions. Voire même une réduction de ses missions. Ce ministère deviendrait essentiellement chargé d'étudier et de conseiller des mesures et beaucoup moins de les appliquer. En outre, si les agriculteurs et leurs organisations relèvent de mesures de droit commun, ne vont-ils pas, de fait, rejoindre le droit commun ? Une exploitation agricole ne deviendra-t-elle pas une entreprise comme une autre ? Une coopérative gardera-t-elle son régime favorable concernant ses bénéfices ? Une certaine banalisation en somme.