À l’occasion d’une audience au Conseil d’État le 5 mars, le rapporteur public a recommandé de maintenir la définition faite par l’Inao (Institut de l’origine et de la qualité) de l'« élevage industriel », dont ne peuvent provenir les engrais organiques conventionnels utilisés en agriculture biologique. S’appuyant sur un jugement de la Cour de justice européenne (CJUE) d’octobre, le rapporteur indique que cette définition ne peut être confondue avec le seul « élevage hors sol », même si c’est ainsi que le règlement a été traduit dans certaines langues autres que le français (versions danoise, néerlandaise et portugaise). La CJUE estime qu’une dérogation étendue à l’élevage industriel non hors-sol « se heurterait manifestement à ces objectifs et contreviendrait aux exigences de cohérence ainsi qu’aux principes éthiques et environnementaux aux fondements même de l’agriculture biologique ».
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Il valide également les exclusions des exploitations en « système caillebotis », « grilles intégral », cages, ou dépassant les seuils mentionnés dans la directive 2011/92/UE, au titre d’un « faisceau d’indices » permettant de définir « l’élevage industriel ». La CJUE a d’ailleurs indiqué que ces indices devaient « à tout le moins » se rapporter à trois thèmes : bien-être animal, biodiversité, climat. Or, souligne au passage le rapporteur du Conseil d’État, la France n’a pas retenu de critère lié à la biodiversité, ce qui pourrait lui être reproché – mais tel n’était pas l’objet de la saisine de l’Afaïa. Ainsi, loin des distorsions de concurrence craintes par les fabricants, le rapporteur conclut, à l’inverse, que la définition choisie par l’Inao est « relativement souple » par rapport à celle retenue par la moyenne des autres États membres de l’UE.