Des pistes pour améliorer la santé microbienne des abeilles

Comme chacun sait, les abeilles, menacées par de nombreux facteurs de stress liés à l’activité humaine, ont vu leur mortalité fortement augmenter au cours des dernières années. Une étude de 2017 a déjà démontré que le déséquilibre de leur flore intestinale peut compromettre la résilience des abeilles et provoquer l'apparition de maladies.

Dans le cadre d’un nouveau projet international, des chercheurs ont voulu déterminer comment l’emplacement d’une ruche dans des milieux plus ou moins soumis à l’influence humaine, déterminait la diversité et la santé microbienne de la colonie. Publiée dans le journal scientifique Nature Scientific Reports en novembre 2022, cette étude a été menée par le groupe de Génomique Appliquée et Bioinformatique de l'université du Pays Basque (UPV/EHU), en collaboration avec des chercheurs des universités croates d'Osijek, de Zadar et de Zagreb. L’une des clés les plus importantes de cette étude tient au fait que les recherches ont porté sur la ruche dans son ensemble et non pas uniquement sur les abeilles.

Pour tester leur hypothèse, les scientifiques ont comparé la santé microbienne d’abeilles européennes (Apis mellifera) dans les ruches de l'île d'Unije, au large de la Croatie, avec le microbiote de deux ruches situées en milieu rural. La particularité des ruches de cette île est qu’elles se situent « loin de l’influence humaine », précise le communiqué du 2 mars 2023 et n’ont subi aucun traitement depuis 10 ans. De plus, leur population reste stable malgré la présence du varroa destructor, un acarien parasite. Pour pouvoir comparer les deux ruches de la zone rurale, les chercheurs ont utilisé des « fratries génétiques », des ruches composées d'abeilles contenant le même matériel génétique. L'une d'entre elles a été placée en zone agricole et l’autre en zone semi-naturelle.

Pour identifier au mieux ce que les chercheurs ont appelé « apibiome », c’est-à-dire l'ensemble des micro-organismes des multiples niches présentes dans la ruche, « nous avons étudié l'intestin des abeilles, l'entrée de la ruche, le pain d'abeille (la substance dont les abeilles se nourrissent) et l'air à l'intérieur de la ruche », est-il précisé et des prélèvements réguliers ont été réalisés à l’entrée de chaque ruche.  

Les effets négatifs de l'anthropisation sur la ruche

Au bout d’un an d’expérimentation, les chercheurs ont pu conclure que la santé microbienne des ruches s'améliore d'autant plus que leur emplacement est naturel. « L'anthropisation s'est clairement avérée avoir un impact significatif, puisque seulement 16 jours plus tard, nous avons détecté que le déséquilibre microbien dû au stress agricole s'était atténué dans la ruche déplacée vers la zone semi-naturelle », souligne Iratxe Zarraonaindia, chargée de recherche à la Fondation basque pour la science. Selon la chercheuse, « le microbiote de la ruche de l'île d'Unije est plus équilibré, sa proportion de micro-organismes bénéfiques est plus élevée et en milieu semi-naturel la proportion diminue progressivement, alors qu'en milieu agricole la composition de la ruche est très déséquilibrée, on trouve plus de bactéries opportunistes et elle est plus sensible aux maladies ». Elle conclut : « les facteurs de stress en milieu agricole sont fortement activés. »

Les chercheurs ont aussi identifié des biomarqueurs qui fourniront des informations sur la santé d’une colonie et permettront de mesurer l'impact de l'agriculture sur les ruches. Par exemple, la bactérie Arsenophonus est très répandue dans les zones agricoles, moins présente dans les zones semi-naturelles et très peu présente dans les zones naturelles.