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Le ministère de l’Agriculture en collaboration avec les organisations professionnelles a réalisé un « guide pratique de la vaccination FCO » afin d’inciter les éleveurs à vacciner leur troupeau. « La durée de la protection immunitaire vaccinale ou naturelle n’est pas connue précisément. Il est donc important de vacciner mon troupeau tous les ans et, en priorité, les jeunes qui n’ont jamais connu la maladie », souligne le document. Le petit guide recommande de vacciner les animaux en hiver et au printemps afin qu’ils soient protégés en été et en automne. Les effets indésirables du vaccin (avortement, fièvre, baisse de la reproduction…) incitent les éleveurs à ne pas vacciner. Pourtant, seules 2000 déclarations d’effets indésirables ont été reçues par l’Agence nationale du médicament vétérinaire sur les 200 millions de doses distribuées. Afin de limiter au maximum ces problèmes il est préconisé d’éviter de vacciner les femelles dans la période d’un mois avant et d’un mois après la reproduction et les mâles dans les deux mois précédant la mise à la reproduction.