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Comme tous ses homologues, le ministère de l’Agriculture a reçu sa lettre de cadrage écologique, fixant les priorités à assurer pour participer à la transition écologique nationale annoncée à l’issue de la conférence environnementale de septembre 2012. Le ministère de l’Agriculture est donc chargé de défendre à Bruxelles un « verdissement ambitieux » de la Pac, d’établir un plan bio pour « doubler » les surfaces en bio d’ici à 2017, d’engager « un plan d’action pour diminuer fortement l’utilisation » des pesticides, de lancer un plan Abeille puis un plan Pollinisateurs ou encore d’étendre l’observatoire de la consommation des espaces agricoles aux espaces naturels et forestiers et d’inscrire la lutte contre l’artificialisation des terres dans sa loi d’avenir. La feuille de cadrage est particulièrement claire sur plusieurs points, le ministère de l’Agriculture devra « contribuer au maintien du moratoire sur les OGM actuellement autorisés en Europe », mais aussi renforcer les conditions de dérogation à l’interdiction d’épandage aérien et « préciser les modalités de partage des avantages liés à l’utilisation des ressources génétiques agricoles ». L’eau est aussi au programme : le ministère est prié de participer à l’évaluation de la politique de l’eau, participer aux travaux sur la fiscalité écologique, en renforçant notamment « le caractère incitatif de la fiscalité sur les polluants de l’eau ». Enfin, le ministère devra trouver comment valoriser les produits de la filière bois : bois énergie, bois matériau…