Le pape François a refusé, dans son encyclique sur l'environnement publiée le 18 juin, de condamner les organismes génétiquement modifiés (OGM), critiquant en revanche les déséquilibres sociaux et l'agriculture extensive découlant de leur développement rapide. « Il est difficile d'émettre un jugement général sur les développements de transgéniques (OMG), végétaux ou animaux, à des fins médicales ou agro-pastorales », juge Jorge Bergoglio, dans ce texte. Car, les OGM « peuvent être très divers entre eux » et « les risques ne sont pas toujours dus à la technique en soi, mais à son application inadaptée ou excessive », estime le pape argentin, alors que la culture des OGM s'est largement répandue en Amérique Latine. François a dit souhaiter sur ce sujet « une discussion scientifique et sociale qui soit responsable et large. » « Même en l'absence de preuves irréfutables du préjudice que pourraient causer les céréales transgéniques aux êtres humains, et même si, dans certaines régions, leur utilisation est à l'origine d'une croissance économique (...), des difficultés importantes ne doivent pas être relativisées ». « En de nombreux endroits, constate-t-il, à la suite de l'introduction de ces cultures, on constate une concentration des terres productives entre les mains d'un petit nombre, due à la disparition progressive des petits producteurs ».
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