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La Cour des comptes de l’UE a constaté d’importantes lacunes dans le contrôle des aides agroenvironnementales versées annuellement aux exploitants agricoles qui s’engagent à poursuivre leurs activités en allant au-delà de la simple application des bonnes pratiques agricoles habituelles. Le système de contrôle de l’agriculture biologique est également considéré comme peu fiable.
Pour la nouvelle période de programmation débutant en 2007, la Cour recommande aux institutions européennes d’appliquer le principe selon lequel « une mesure qui ne peut être suffisamment contrôlée ne doit pas être financée par des deniers publics ».
L’audit conduit par la Cour a permis de constater que la Commission européenne n’a que partiellement garanti le caractère vérifiable des mesures avant d’approuver le plan de développement rural et n’a pas suffisamment vérifié le bon fonctionnement des systèmes de contrôle en matière agroenvironnementale dans les États membres.
En ce qui concerne l’agriculture biologique, la Cour souligne que les rapports annuels sur la mise en œuvre, censés fournir une assurance quant à l’objectivité et à l’efficacité du système de contrôle, ne sont ni complets ni fiables.
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La Cour aboutit à la conclusion que la vérification des mesures agroenvironnementales pose des problèmes particuliers et qu’elle exige beaucoup plus de moyens que la vérification de la mesure du premier pilier (gestion des marchés). En 2004, sur les 4 749 millions d’euros de dépenses du FEOGA-Garantie en faveur du développement rural qui ont été déclarées par les États membres, 1 739 millions ont concerné les mesures agroenvironnementales (règlement CE 1257/1998). 13 480 millions d’euros devraient être dépensés dans l’UE 15 pour la période de programmation 2000-2006. Ce montant représente plus de 27 % de l’ensemble des dépenses en faveur du développement rural. De ce fait, l’agroenvironnement constitue la mesure de développement rural la plus importante.
Pour la prochaine période de programmation (2007/2013), la Commission a proposé un système de contrôle qui sera aligné dans la mesure du possible sur les systèmes de contrôle que les États membres doivent mettre en place pour les paiements du premier pilier (éco-conditionnalité).
Par ailleurs, la Commission a proposé une répartition plus claire des responsabilités entre les États membres et la Commission renforçant ainsi le principe de gestion partagée.