L’organisation écologiste WWF juge « impératif que l’UE se dote d’un système de certification contraignant à la fois pour les biocarburants importés et produits localement ». Selon elle, ce régime doit « aussi couvrir les bénéfices climatiques, les méthodes de production à forte intensité énergétique utilisées pour de nombreux biocarburants n’offrant que peu d’avantages par rapport aux carburants traditionnels en termes d’émissions globales de gaz à effet de serre ».
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Le potentiel des biocarburants pour combattre le changement climatique ne doit pas être « surestimé », affirme pour sa part le Bureau européen de l’environnement (BEE), soulignant entre autres que « la biomasse peut souvent être utilisée pour produire de l’énergie d’une façon meilleure pour l’environnement que sa conversion en biocarburant ».