Selon une enquête menée par la DGCCRF (Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes) en 2006, 55,6 % des 4 749 échantillons de fruits et légumes testés ne contiennent pas de résidus de pesticides. Des teneurs inférieures à la limite maximale de résidus (LMR) ont été détectées pour 38,4 % des échantillons. 94 % des fruits et légumes analysés respectent donc la réglementation. Les LMR ont été dépassées dans 6 % des cas (3 % en ne considérant que les dépassements des LMR communautaires). Parmi les légumes, 65,2 % ne contiennent pas de résidus et en moyenne 6,3 % sont non conformes. Les dépassements concernent essentiellement les poivrons et piments, les lentilles et les aubergines. Quant aux fruits, 35,9 % ne contiennent pas de résidus et en moyenne 5,5 % sont non conformes. Les dépassements concernent essentiellement les fraises, les mandarines, les poires. Les contrôles de la production biologique de fruits et légumes ont porté sur 282 échantillons, avec un taux de non conformité de 1,42 % (0 % en ne considérant que les dépassements des LMR communautaires). Les céréales et les produits céréaliers présentent 0,4 % de non conformités sur 255 échantillons. Concernant les produits transformés, sur 202 échantillons prélevés 1,48 % sont non conformes. Les molécules les plus souvent retrouvées sont des insecticides et des fongicides.
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