Dans un rapport paru le 11 décembre sur la réponse à apporter à la crise de la bio, le CGAAER (ministère de l'Agriculture) propose une réforme des instances de gouvernance du secteur bio, pour en faire sortir l'État, sur le modèle des organismes de défense et de gestion (ODG) des autres signes de qualité (Siqo). Les hauts fonctionnaires recommandent « une structuration de l’agriculture biologique (AB) sur le modèle des ODG des autres Siqo, à tous les niveaux géographiques, distincte de l'État (réforme de la gouvernance et des missions de l’Agence bio) et bien articulée avec les interprofessions qui doivent organiser en leur sein le développement des pratiques durables dont celui de l’agriculture bio ». Au sein de l'Agence bio, les auteurs constatent que la représentation des professionnels est « affaiblie par un dualisme de légitimité ; des organismes spécialisés (Fnab, Synabio) trop faiblement représentatifs, coexistent avec des sections bio des organismes généralistes (syndicats agricoles, chambres d'agriculture...) plus ou moins actives ». En parallèle, « l'État considère que cette agence est son " opérateur ", et s’arroge une responsabilité d’autant plus importante qu’il en est presque le seul financeur. »
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