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Contrairement à son équivalent au ministère de la Transition écologique, le CGAAER conservera son nom et ne deviendra pas une simple inspection à l'occasion de la réforme de l’encadrement supérieur de l’État, selon un projet de décret présenté aux syndicats le 8 novembre. L'institution gardera le même intitulé pour «marquer l’importance des missions de conseil et préserver le lien existant entre le ministre et le CGAAER, qu’il préside», d'après un rapport de la Rue de Varenne. Au ministère de la Transition écologique, le CGEDD a été remplacé au 1er septembre 2022 par l’inspection générale de l’environnement et du développement durable (IGEDD). Institution du ministère de l’Agriculture chargée de missions de «conseil, d’audit, d’évaluation, de réflexion et d’inspection des services», le CGAAER compte 120 membres recrutés parmi trois corps d'État: les Ingénieurs des Ponts et forêts (Ipef), les Inspecteurs de santé publique vétérinaire (ISPV), et les Inspecteurs généraux de l’agriculture (IGA) – ce dernier corps sera, comme attendu, «mis en extinction» à partir du 1er janvier 2023, selon un décret paru au printemps. Le texte a aussi acté la mise «sous statut d’emploi» des postes du CGAAER, qui seront dès l'an prochain attribués pour une durée déterminée.