Ces espèces sauvages qui disparaissent des milieux agricoles

De l’alouette à l’ivraie du lin en passant par les papillons azurés ou l’anguille, les agriculteurs nés dans les années 1950 ont assisté de leur vivant à la régression voire à la disparition de plusieurs dizaines d’espèces dans leurs champs et prairies. « Les extinctions font partie de l’évolution, mais ce qui est nouveau, c’est leur rythme », alerte Florian Kirchner, chargé de programme « Espèces » au sein du comité français de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). Une accélération dix à cent fois plus rapide qu’avant 1900 pour les vertébrés, selon un article publié en 2015 dans la revue Science. ⁽¹⁾

Avec l’urbanisation et l’exploitation forestière, l’agriculture reste l’une des premières causes de ces disparitions, comme le rappelle l’Ipbes (Giec de la biodiversité) dans un rapport de 2019. Une responsabilité peu surprenante, alors que l’activité agricole occupe près de 50 % de la surface du territoire métropolitain en France (Insee, 2019). Cette importance géographique augmente d’autant plus les effets des épandages d’engrais, de pesticides ou des arrachages de haies. « Les données ne permettent pas d’attribuer un poids précis de l’agriculture dans les disparitions, mais les études démontrent les effets dramatiques de ces pratiques », confirme Benoit Fontaine, chercheur au Museum d’histoire naturelle (MNHN).

Alors que la Cop15 s’ouvrira d’ici quelques semaines à Montréal, la biodiversité n’est donc pas menacée que dans les forêts de l’Amazonie ou du bassin du Congo. En interrogeant plusieurs experts, et en consultant les listes de l’UICN, Agra Presse a réussi à identifier près d’une vingtaine d’espèces qui étaient encore communes sur tout ou partie du territoire français avant 1950, et qui se voient aujourd’hui menacées par l’agriculture. Recours aux engrais minéraux et pesticides, changements des paysages ou évolution des cultures : les régressions ou disparitions les plus remarquées peuvent être directement liées aux principaux leviers d’intensification de l’agriculture.

Les pesticides, suspects habituels

Pour les insectes au moins, « les pesticides sont la première cause de la régression des espèces », assène Xavier Houard, chargé de mission à l’office pour les insectes et leur environnement (Opie). Le Carabe doré (Carabus auratus), qui était « très présent dans les collections des naturalistes du début du siècle comme dans les jardins », serait par exemple devenu « extrêmement rare ». Dans sa liste rouge des libellules ⁽²⁾ de 2016, l’UICN souligne de même que l’Agrion bleuissant (Coenagrion caerulescens), insecte bleu et noir présent dans les cours d’eau du Sud-Est, pâtit de « la pollution due à l’usage de pesticides et d’engrais ». À tel point que l’organisation l’a classée « en danger ». L’UICN travaille aussi sur une liste rouge des abeilles sauvages, mais ses détails ne devraient pas être dévoilés « avant au moins trois ans », selon Florian Kirchner.

Sans surprises, les plantes sauvages sont, elles, victimes des herbicides. La Nigelle des champs (Nigella arvensis), présente avant 1970 sur l’ensemble du territoire français, est désormais réduite à quelques stations dans l’Ouest. Tout comme la Turgénie à large feuille (Turgenia latifolia), « bien présente en France au XIX^e et au début du XX^e siècle » selon l’UICN. Aujourd’hui classée « en danger », on ne trouverait plus qu’au bord de la Méditerranée. Quant à la Linaire effilée (Linaria spartea), auparavant très répandue dans le Sud-Ouest et dont on faisait même des cordes dans l’Antiquité, elle est aujourd’hui classée comme « quasi menacée », ne subsistant plus que dans « des milieux refuges épargnés par les traitements chimiques ».

De manière plus indirecte, les pesticides affectent aussi « les espèces insectivores en réduisant leurs ressources », rappelle Florian Kirchner. Selon la liste rouge des mammifères publiée en 2017 par l’UICN France ⁽³⁾, les pesticides auraient par exemple joué un rôle central dans la forte régression de la Crocidure leucode (Crocidura leucodon), petite musaraigne de la moitié Nord du pays, devenue « quasi menacée ». Ou encore dans la fonte des populations de la Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus), une chauve-souris également « quasi menacée », alors qu’elle était autrefois présente partout en France. Autre dégât collatéral : l’Anguille d’Europe (Anguilla anguilla), espèce « en danger critique ». « L’anguille est principalement victime de la surpêche et des obstacles sur les cours d’eau, mais elle est très sensible aux pollutions, et les pesticides sont une menace de plus », regrette Florian Kirchner.

Les effets insoupçonnés de la disparition des prairies

« Les déclins sont toujours multifactoriels : les pesticides ont un rôle majeur, mais il ne faudrait pas oublier la transformation du paysage, avec l’agrandissement des parcelles, l’arrachage des haies, ou le drainage des zones humides », remarque Benoit Fontaine (MNHN). Des changements de paysages, nécessaires pour faciliter le travail motorisé, mais qui auraient été particulièrement nocifs pour les oiseaux. D’après le suivi réalisé par le MNHN et la ligue de protection des oiseaux, les espèces spécialistes des milieux agricoles seraient même le groupe d’oiseaux présentant le plus fort déclin depuis 1990, avec une réduction de 29,5 % de leur abondance ⁽⁴⁾.

Les passereaux seraient, entre autres facteurs, victimes de la baisse de la surface de prairie permanente, passée de 13 Mha en 1961 à environ 9 Mha actuellement (FAO Stat/Agreste). « Une des espèces qui souffrent le plus est le Pipit farlouse (Anthus pratensis), qui a perdu 70 % de ses effectifs en vingt ans », illustre Benoit Fontaine. Comme le souligne l’UICN dans sa liste rouge des oiseaux de France métropolitaine datant de 2016 ⁽⁵⁾, la célèbre alouette des champs (Alauda arvensis), oiseau des prairies « emblématique » du déclin des oiseaux selon l’UICN, a également perdu 20 % de ses effectifs en quinze ans au point d’être classée comme « quasi menacée ». De même le Milan royal (Milvus milvus), désormais classé comme « vulnérable », est menacé à la fois par la bromadiolone utilisée pour tuer les campagnols, mais aussi par les retournements de prairies « qui réduisent la disponibilité en ressources alimentaires », selon l’UICN.

L’assèchement des milieux humides pour faciliter la culture est un autre facteur aggravant, qui explique le déclin d’oiseaux comme la bécassine des marais, mais aussi de plantes. Comme le détaille François Prud’homme, chargé de projet au conservatoire botanique Pyrénées et Midi-Pyrénées, deux espèces spécialistes des prairies humides seraient aujourd’hui en danger : la Jacinthe de Rome (Bellevalia romana) et la Fritillaire-pintade (Fritillaria meleagris). « La tendance depuis plusieurs décennies est de gérer les parcelles pour qu’elles ressemblent toutes à une prairie moyenne, ni trop humide, ni trop maigre, ni trop acide ou trop sèche, et c’est ce qui met en danger la diversité », résume le botaniste.

Ces pratiques fragilisent aussi les insectes, comme le note le Commissariat au développement durable (CGEED) dans une note datant de 2017 ⁽⁶⁾. En analysant 47 espèces d’intérêt communautaire, les auteurs observent que « les insectes associés aux prairies, landes et fourrés, principalement des papillons, ont la plus forte tendance au déclin (27 % des évaluations relatives à ce grand type d’écosystèmes). » Parmi les victimes les plus connues, l’azuré des paluds (Maculinea erebus) et l’azuré de la sanguisorbe (Maculinea teleius, voir notre encadré), deux papillons bleutés classés comme vulnérables par l’UICN et faisant l’objet d’un plan national d’action en France.

Quand les espèces dépendent de cultures disparues

Certaines espèces ont été touchées directement par l’évolution des assolements. La perte de 2,1 Mha de jachères et prairies temporaires entre 1982 et aujourd’hui a ainsi eu raison des espèces pour qui elles constituaient des sources importantes d’alimentation. La population de Chardonneret élégant (Carduelis carduelis), espèce qui se nourrit dans les chaumes et jachères, a par exemple chuté « de près de 40 % sur ces dix dernières années », alerte l’UICN. De même l’outarde canepetière, spécialiste des milieux herbacés actuellement en « danger », a vu son nombre de mâles chanteurs chuter de 7200 à la fin des années 1970, à 2670 en 2012. « Son état de conservation défavorable en Europe ne permet pas d’espérer un renforcement significatif des populations françaises », déplore l’UICN dans sa note dédiée aux oiseaux.

Dans le cas du Hamster d’Europe (Cricetus cricetus), petit rongeur au dos roux, « c’est la généralisation du maïs qui a été préjudiciable », poursuit Florian Kirchner. En passant de 5 à 40 % de la SAU alsacienne entre 1970 et aujourd’hui (données Agreste), le maïs a chassé les céréales à paille des assolements, faisant disparaître ce petit mammifère se nourrissant de grain. Aujourd’hui classé « en danger », le hamster dit « d’Alsace » fait désormais l’objet d’un plan national d’action et d’une MAEC dédiées qui visent à encourager les agriculteurs à semer à nouveau du blé, tout en organisant des lâchers critiqués par une partie des naturalistes.

L’abandon de certaines cultures industrielles a aussi entraîné la disparition de certaines plantes « messicoles », ces espèces associées aux cultures dans les champs. Ivraie du lin (Lolium remotum Schrank) et Caméline alysson (Camelina alyssum), « deux plantes messicoles parmi les cinq qui ont complètement disparu de France dépendaient de la culture du lin », rappelle Laura Lannuzel, chargée de conservation au Conservatoire botanique national des Pyrénées et de Midi-Pyrénées, et mobilisée pour le plan national d’action dédié aux plantes messicoles. Autre facteur de disparition : le tri des semences, qui limite aujourd’hui le semis opportuniste d’espèces comme le bleuet des moissons (Cyanus segetum Hill) ou les coquelicots. Comme le souligne Laura Lannuzel, « les pratiques agricoles peuvent mettre en danger comme favoriser ces espèces. Ce sont des exemples qui montrent à quel point la mise en place de pratiques moins intensives pourrait être bénéfique à la biodiversité ».