Missionnés par le cabinet de Marc Fesneau en juin 2023 pour tester auprès des professionnels un projet de « doctrine d’usage » sur la « rénovation du financement du sanitaire dans le domaine animal », deux inspecteurs du CGAAER (ministère) n’ont « pas constaté de consensus », d’après leur rapport publié le 3 décembre. La doctrine envisagée par l’exécutif vise une réforme « à coût constant pour l’État ». Alors que le coût des mesures sanitaires est aujourd’hui supporté « essentiellement par les opérateurs de la production primaire et l’État », le ministère souhaiterait qu’une « part significative » soit « mutualisée au sein du maillon amont […] voire au sein de la filière », selon la proposition de doctrine. « L’État a vocation à financer l’intégralité des indemnisations sanitaires », y lit-on, mais pas les indemnisations économiques, « hors crise sanitaire majeure ». Dans ce domaine, les pouvoirs publics incitent l’amont à privilégier la « mutualisation professionnelle » (FMSE ou interprofessions) et l’aval les assurances privées. Toujours concernant les indemnisations économiques, le projet prévoit que la part de l’État « augmente à due concurrence de l’implication des professionnels dans le financement des mesures de prévention, de surveillance et de lutte ».
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Craignant un désengagement de l’État, l’ensemble des maillons semblent réticents à la réforme. En particulier, les interprofessions ont montré « des objections de principe ainsi que des difficultés liées à leur mode de fonctionnement » (votes à l’unanimité des collèges notamment). Les plus farouches opposants restant les fédérations d’éleveurs, FNB (bovins viande) et FNPL (bovins lait) en tête, qui refusent tout « financement par l’aval d’actions sanitaires en élevage ».