Ils ont été peu nombreux, au sein de la majorité, à faire entendre une voix divergente lors des débats au Sénat. En l’absence de Jean-François Le Grand – l’ancien président de la haute autorité sur les OGM –, seuls Fabienne Keller (UMP – Bas-Rhin), Philippe Darniche (sans groupe – Vendée) et Daniel Soulage (UC-UDF – Lot-et-Garonne) ont tenté de faire passer quelques amendements, en vain. Un de ceux-ci proposait que l’exclusion des OGM des parcs naturels puisse se décider « à la majorité des exploitants agricoles », et non à l’unanimité. Un autre voulait que les distances de coexistence ne puissent être inférieures à 500 mètres. Un troisième proposait d’inclure dans les baux des agriculteurs une clause permettant d’interdire la culture d’OGM. Un autre visait à responsabiliser toute la filière en cas de contamination, ou à étiqueter les produits issus d’animaux ayant consommé des OGM. Aucun ne fut adopté.
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On notera que Dominique Voynet (rattachée au groupe PS — Seine-Saint Denis) n’est apparue à aucun moment dans l’hémicycle pour combattre le texte. En réponse à certaines attaques de l’opposition, la droite ne manqua d’ailleurs pas de mentionner à plusieurs reprises le nom de l’ancienne ministre de l’environnement, soulignant que c’est sous le gouvernement Jospin-Voynet que la directive 2001-18 sur la dissémination des OGM dans l’Environnement avait été adoptée à Bruxelles, avec le feu vert de la France.