Génétique Le long chemin vers la résistance au mildiou

’actualité du procès de deux châteaux viticoles bordelais devant le tribunal correctionnel de Libourne, qui s’est ouvert le 19 mars, montre à quel point la société est devenue sensible au sujet des pesticides, en l’occurrence des fongicides, justement. Idéalement, il faudrait des variétés de pomme de terre et de vigne qui satisfassent le consommateur final, mais cultivées sans fongicides ; qui rémunèrent le producteur et le salarié agricole, mais pas plus chères que les autres, et cela dans un marché ouvert… ; et que cela soit fait tout de suite. Il n’est pas impossible que la génétique et les filières parviennent à trouver les solutions face au mildiou, mais elles ont encore des difficultés à résoudre, et cela ne se fera pas d’un claquement de doigt.

Le mildiou de la vigne et celui de la pomme de terre ne sont pas les mêmes. La maladie est identique, caractérisée notamment par un pourrissement du feuillage, mais ce ne sont pas les mêmes pathogènes qui en sont la cause. Mieux, il ne s’agit pas des mêmes espèces. Le mildiou de la vigne est causé par le Plasmopara Viticola. Le mildiou de la pomme de terre est causé par l’agent pathogène Phytophthora Infestans, le même que celui de la tomate.

Vigne et pommes de terre : décollage des variétés résistantes

Dans le secteur viticole, les cépages résistants commencent tout juste à apparaître, fruits de plusieurs décennies de recherche. Quatre cépages de l’Inra ont ainsi été inscrits en janvier 2018 au catalogue français des variétés végétales. De plus, sept variétés étrangères ont été inscrites dans d’autres pays de l’UE, ce qui les rend potentiellement opérationnelles dans les vignobles français mais à condition qu’elles franchissent l’examen qu’est le classement des cépages en France. Pour la suite, 25 cépages résistants sont en cours d’étude à l’Inra, selon Jean-Pierre Van Ruyskensvelde, directeur général de l’Institut français de la vigne et du vin (IFV).

Tous ces cépages résistants proviennent d’hybridations entre les vignes de la famille Vitis Vinifera, qui est la famille des vignobles européens, et des familles de vignes américaines et asiatiques. La filière viticole et les chercheurs espèrent ainsi combiner les acquis de la sélection séculaire européenne, qui font que les cépages européens sont enviés dans le monde entier, et les avantages de résistance des vignes américaines et asiatiques.

Deux foyers de développement des cépages résistants sont prometteurs : l’IGP du Pays d’Oc avec les vins de cépages, et les vignes situées près des habitations, selon Jean-Pierre Van Ruyskensvelde. « On peut parier sur une forte attente des vignerons à implanter en premier lieu ces vignes résistantes dans les rangs qui sont les plus proches des habitations », estime-t-il. Les vignerons devraient planter 50 à 60 ha de vignes des cépages résistants de l’Inra en 2019, puis 175 à 200 ha en 2020, assure Jean-Pierre Van Ruyskensvelde.

Dans le secteur de la pomme de terre aussi, les variétés résistantes au mildiou sont de plus en plus nombreuses à sortir sur le marché depuis 2008 (voir graphique), signale Jean-Michel Gravoueille, spécialiste de la pomme de terre à l’institut technique des grandes cultures Arvalis. Le graphique fait apparaître les variétés résistantes au mildiou du feuillage, qui est le mildiou le plus ravageur. Le mildiou du tubercule existe aussi, mais le sujet est moins crucial. Au total, une quinzaine de variétés récentes et résistantes sont recommandées par le Groupe d’étude et de contrôle des variétés et des semences (Geves), qui est un groupement d’intérêt public.

Comme l’indique le graphique, les variétés de pommes de terre complètement résistantes n’existent pas. Le Comité technique permanent de la sélection (CTPS) leur donne des notes de résistance : de 1 à 3 pour les variétés sensibles, de 4 à 5 pour les variétés assez sensibles et de 6 à 9 pour les variétés peu sensibles. « La note 9 n’est que très rarement attribuée », indique Gisèle Lairy-Joly, directrice de la recherche chez Germicopa, un leader français de la sélection de pommes de terre.

La crainte de perdre des caractères de qualité

Pour la vigne comme pour la pomme de terre, l’apport de résistances renforcées peut se faire au détriment de la qualité. C’est ce que redoutent des membres de la filière viticole et ce que constatent les semenciers de pommes de terre. Dans une tribune au quotidien Le Monde du 26 février, le vigneron bordelais Xavier Planty estime que les croisements successifs entre Vitis Vinifera et les cépages américains « vont faire perdre ses caractéristiques au cépage d’origine ». Au moment même où « nos plus anciens cépages sont désormais sauvegardés dans des conservatoires pour ne pas voir s’éteindre les variétés locales et notre patrimoine génétique viticole », « des apprentis sorciers mettent en danger l’incroyable diversité de ce patrimoine », alerte-t-il. D’où la crainte de voir disparaître la typicité d’un vin dont le cépage d’origine serait « diminué voire quasi disparu ». Face à cette objection, l’IFV et l’Inra rappellent que les nouveaux cépages sont passés au crible de tests de dégustation à l’aveugle, comme tout cépage, et cela tant dans les structures de recherche et de sélection que dans les syndicats d’AOC et d’IGP.

En pomme de terre, la perte de caractères de qualité peut être constatée par les sélectionneurs lors des croisements. Les difficultés résident dans la nécessité de cumuler un grand nombre de caractères d’intérêt. Une trentaine, selon Gisèle Lairy-Joly. Il faut en effet tenir compte des exigences fortes des multiplicateurs de plants en qualité sanitaire (maladies à virus, bactéries, champignons du sol,…), sur la productivité, sur la maîtrise des endommagements mécaniques, la précocité, la facilité de stockage, détaille-t-elle. Le producteur attend des critères de précocité, de rendement, de facilité de récolte et de stockage. L’industriel quant à lui souhaite un produit qui conserve un aspect impeccable, garde toutes ses qualités nutritionnelles, réponde aux nombreuses exigences des process industriels. Le distributeur peut exiger des qualités de présentation. Enfin le consommateur veut disposer d’un produit facile à utiliser et bon pour la santé.

Le problème des mutations de pathogènes

Or, « on perd des gènes en cours de route », précise Jean-Éric Chauvin, ingénieur de recherche au centre Inra de Ploudaniel en Bretagne. En effet, au cours des croisements par reproduction sexuée opérés par la sélection classique entre des variétés cultivées et des variétés sauvages pour introduire des gènes de résistance, les sélectionneurs remettent dans le patrimoine génétique des nouvelles variétés des gènes qui ne correspondent pas forcément aux critères commerciaux. C’est ainsi que la variété Alliance, pour la consommation en frais, qui a une bonne note de résistance au mildiou, n’est pas très productive, témoigne Arnaud Delacour, président de l’Union nationale des producteurs de pommes de terre (UNPT).

Autre écueil mis en avant par Xavier Planty : le mildiou « est capable de s’adapter et de muter pour contourner la résistance génétique. Les premiers résultats le démontrent déjà ». En outre, « on sait que les souches d’agents pathogènes mutent, mais on ne sait pas à quelle vitesse » dans le domaine de la vigne, indique Christophe Schneider, chercheur à l’équipe de génétique et d’amélioration de la vigne au centre Inra de Colmar. On sait seulement que la mutation est plus rapide sur un vignoble de 100 000 ha d’un même cépage que sur une surface de vigne de 1 000 ha. Certains agents pathogènes restent longtemps à l’état latent, puis peuvent devenir agressifs au bout de cinq ans, précise-t-il.

Dans le secteur de la pomme de terre, ce n’est pas parce qu’une variété de pomme de terre est résistance une année qu’elle le sera cinq ans après. « La note 9 n’est que très rarement attribuée et doit être revalidée régulièrement, car l’évolution constante du parasite dans sa composition peut amener à des contournements de résistance. Une variété peut passer d’une note très résistante à sensible », explique la directrice de la recherche de Germicopa. Globalement, « on observe sur beaucoup de variétés une érosion de la résistance au cours du temps ». « Avec Phytophthora Infestans, nous avons affaire à un agent pathogène qui a une capacité de reproduction particulièrement rapide : une seule spore peut en générer 30 000 cinq jours après si les conditions de chaleur et d’humidité sont réunies », confirme Jean-Éric Chauvin.

Les stratégies pour verrouiller les contournements

Face au risque de contournements des résistances par des pathogènes mutants, la recherche a mis au point des résistances polygéniques : puisqu’un gène de résistance peut être contourné à plus ou moins long terme, deux permettent de verrouiller les contournements par les pathogènes mutants. « Le choix que l’on a fait est de chercher à faire des constructions avec plusieurs gènes, donc au moins deux gènes de résistance au mildiou et deux à l’oïdium (ce sont des variétés Inra de ce type qui sont inscrites depuis janvier 2018) et prochainement ayant trois gènes pour le mildiou et trois pour l’oïdium », indique Christian Huyghe, directeur de l’agriculture à l’Inra et président du CTPS.
Autres précautions pour parer aux contournements : l’Inra travaille à produire un grand nombre de variétés nouvelles et augmente la diversité des gènes utilisés, ajoute-t-il. Conscients du risque de contournement, l’Inra, l’IFV et la filière ont mis en place un suivi de la population de champignon pour voir si elle évolue génétiquement. Sur la base des données actuellement disponibles, la population évolue quand il y a un seul gène de résistance à effet modéré, mais elle n’évolue pas avec les constructions génétiques complexes. En outre, quand beaucoup de variétés seront sur le marché, il faudra être vigilant pour que dans un territoire donné, il y ait plusieurs constructions génétiques déployées. Ultime filet de sécurité : si jamais tout cela ne suffit pas et que l’on voit un risque d’évolution de la population, il faut que l’utilisation de produits phytosanitaires ou de biocontrôle permette de limiter cette évolution, conclut Christian Huyghe.