Le projet Rabbit accélère la sélection des pommes à chair rouge

Encore rares, les variétés de pommes à chair rouge suscitent l’intérêt de sélectionneurs comme IFO, filiale de Dalival chargée de la sélection de nouvelles variétés de fruits à pépins. La pomme à chair rouge doit sa couleur à des composés chimiques appelés polyphénols et en particulier aux anthocyanes, qui « peuvent aussi présenter des bienfaits pour la santé humaine en tant qu’antioxydants », explique Inrae dans son communiqué dédié au projet paru le 31 mars 2025. 

Obtenir une variété présentant cette couleur intense est le fruit d’un long processus, que l’entreprise veut accélérer grâce au projet Rabbit (Red-flesh Apple Breeding Boost using Innovative Tools, ou Amélioration génétique de la pomme à chair rouge en utilisant des outils innovants).

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Ce projet est le fruit d’une collaboration entre l’IRHS d’Angers (unité mixte de recherche sous tutelle d’Inrae, l’Institut Agro et l’université d'Angers) et IFO. Jean-Marc Celton, chercheur à l’Institut de recherche en horticulture et semences (IRHS) et enseignant à l’université d’Angers, dirige le projet Rabbit dans la continuité d’une collaboration débutée en 2021 avec l’entreprise basée dans le Maine-et-Loire. Le projet est prévu pour durer quatre ans, jusqu’en 2029. 

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Le précédent projet terminé fin 2024 a permis à l’équipe d’identifier trois marqueurs moléculaires qui contrôlent l’intensité de la coloration de la chair des fruits afin de prédire dès que le plant a levé quelle sera l’intensité de coloration de ses fruits. Grâce à cette découverte, l’équipe va pouvoir tester systématiquement l’ensemble des arbres des vergers d’IFO « pour les aider à sélectionner les parents dont le croisement donnerait le plus grand nombre d'hybrides à chair rouge avec une intensité importante », glisse Jean-Marc Celton. « On parle potentiellement de plusieurs centaines d’arbres de génotypes différents à tester. » 

Détection précoce des meilleurs pommiers 

Pour accélérer le processus de sélection, l’équipe travaille sur des méthodes des sélection des pommiers au stade de la jeune pousse. À l’aide d’un appareil qui lit tous les spectres de lumière présents à la surface de la feuille, les chercheurs vont obtenir des informations sur les pigments présents à l’intérieur de la feuille de pommier. « D’ici trois à quatre ans, nous pourrons faire une corrélation entre ces spectres et l’intensité de coloration des fruits, et développer un modèle prédictif sans avoir besoin de passer par les marqueurs moléculaires », explique Jean-Marc Celton. 

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En parallèle de la partie purement génétique, le chercheur veut aussi étudier l’influence de l’environnement sur l’intensité de la coloration de la chair. « Une variété à chair rouge dans le Maine-et-Loire peut être beaucoup plus claire en Espagne, ou bien plus rouge dans le Nord-ouest des États-Unis. On travaille pour comprendre quels sont les facteurs climatiques qui vont le plus influencer l’intensité de coloration. » 

Un autre défi du programme vise à détecter de manière non-invasive le brunissement de certaines pommes à chair rouge au moment du stockage, afin de les écarter de la vente. « Pour l’instant, à moins de couper la pomme en son milieu, on est incapable de dire si la chair à l’intérieur est rouge ou brune, il n’y a pas de signe extérieur », note Jean-Marc Celton. « Nous développons une nouvelle méthode basée sur une mesure acoustique, avec laquelle on va taper légèrement la surface du fruit et enregistrer la manière dont le son se propage à l’intérieur pour pouvoir distinguer les fruits restés rouges, de ceux devenus bruns. »