Pesticides : quel fossé entre science et réglementation

Il y a un an, le 3 septembre 2025, la cour administrative d’appel de Paris condamnait l’État français à revoir ses protocoles d’autorisation de mise en marché (AMM) des pesticides au motif que l’Anses n’évaluait pas les produits phytopharmaceutiques « à la lumière du dernier état des connaissances scientifiques, notamment en ce qui concerne les espèces non ciblées ».

Il s’agit d’un nouveau rappel à l’ordre : la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) avait déjà souligné, dans son fameux arrêt Blaise du 1^er octobre 2019 (sur le glyphosate), que les États membres doivent prendre en compte « les données scientifiques disponibles les plus fiables et les résultats les plus récents de la recherche internationale ».

Si l’affaire française, baptisée Justice pour le vivant, est toujours en cours avec un recours en exécution déposé fin juin par plusieurs ONG environnementales, elle fait écho aux critiques récurrentes de l’évaluation réglementaire des pesticides, accusée de ne pas prendre en compte toutes les données scientifiques disponibles.

Qu’en est-il alors que se négocie l'avenir des évaluations de pesticides à Bruxelles avec le réglement Omnibus X (voir encadré ) ? Si tout le monde s’accorde à dire que la réglementation européenne est parmi les plus protectrices au monde, notre enquête montre qu’elle est encore loin d’être parfaite.

L’une des principales critiques sur l’évaluation des risques des pesticides est que les études produites par la science académique sont très peu prises en compte par rapport à la science réglementaire, c’est-à-dire aux études produites par les fabricants de pesticides.

Concernant l’effet des pesticides sur l’environnement, le poids de la science académique pris en compte par les agences d’évaluation est « très minoritaire, je dirais quelques pourcents », estime Laure Mamy, directrice de recherche en comportement des pesticides dans l’environnement à l’Inrae. Côté santé humaine, ce n’est guère mieux. « On estime que 10 % de la recherche académique est prise en compte et que 90 % est laissée de côté », indique Xavier Coumoul, professeur de toxicologie à l’Université Paris Cité.

Ce déséquilibre est assez logique, puisque le règlement européen sur les pesticides (1107/2009) impose aux fabricants de démontrer l’innocuité de leurs produits et que, par conséquent, ils produisent des études en ce sens. Pourtant, la littérature scientifique indépendante doit être prise en compte dans l’évaluation. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) oblige les demandeurs d’une approbation de substance active à « réaliser » et « soumettre » dans leur dossier « une synthèse de la littérature scientifique publiée au cours des dix dernières années », indique Manuela Tiramani, responsable de l’unité Évaluation par les pairs des pesticides de l’EFSA.

Procédures déconnectées

Mais c’est là que le bât blesse, selon Antoine Bailleux, professeur de droit européen à l’UC Louvain et avocat de l’ONG PAN Europe. « Les entreprises fournissent un très grand tableau Excel qui liste les études, avec leur propre évaluation qui, de manière assez systématique, conclut qu’elles sont peu pertinentes. Et, de manière assez systématique, l’État membre rapporteur qui évalue le dossier, puis l’Efsa, simplement cautionnent l’évaluation faite par l’entreprise. Ce qui a pour conséquence que la littérature scientifique indépendante n’a quasiment jamais le moindre poids dans l’évaluation », affirme-t-il.

Pour être recevables par l’Efsa, les études réglementaires doivent respecter deux grands critères : les bonnes pratiques de laboratoire et les lignes directrices en matière d’essais scientifiques définies par l’OCDE. « C’est très important pour être sûr que les méthodes réglementaires soient robustes, fiables et reproductibles », souligne Philippe Michel, directeur des affaires réglementaires et juridiques de Phyteis.

Mais ces deux critères ont pour effet de « mettre de côté toutes les études académiques », selon Antoine Bailleux : « D’une part, le respect des bonnes pratiques de laboratoire demande des infrastructures que les universités n’ont pas. D’autre part, les lignes directrices de l’OCDE sont pour la plupart fondées sur des paradigmes toxicologiques vieux d’au moins trente ans. Or, ces paradigmes ne sont plus du tout à jour par rapport à l’évolution de la toxicologie, de la cancérologie… donc les universitaires s’en détournent et privilégient des tests plus sensibles pour voir des effets qu’on n’aurait pas vu il y a trente ans ».

Dissensus sur le consensus

Parfois, la frontière entre science et réglementation n’est pas claire, car l’appréciation même du consensus scientifique n’est pas partagée. « On a tout un tas de données scientifiques disponibles, qui font consensus au sein de la communauté scientifique, qui pourtant sont ignorées par les agences réglementaires, estime par exemple Pauline Cervan, toxicologue de Générations futures. Soit parce qu’elles ne respectent pas les protocoles réglementaires (par exemple la génotoxicité du glyphosate) ; soit parce que l’Efsa ne sait pas les intégrer dans l’évaluation du risque c’est-à-dire qu’elle ne sait pas traduire l’impact sur un organisme entier d’effets observés à l’échelle cellulaire (par exemple l’effet des fongicides SDHI sur les mitochondries des cellules) ».

Mais pour Luc Multigner, épidémiologiste et directeur de recherche émérite à l’Inserm, il n’y a pas de consensus scientifique sur la génotoxicité du glyphosate et la mitotoxicité des SDHI. « Des incertitudes subsistent qui demandent davantage d’études pour savoir si ces substances représentent des risques réels pour la santé humaine », nuance-t-il.

L’autre grand fossé entre science et réglementation vient de la biodiversité. « L’évaluation des risques des pesticides sur la biodiversité est très fragmentée », expose Barbara Berardi, responsable des impacts des pesticides sur la biodiversité à PAN Europe. Le premier problème porte sur le choix des espèces suivies. « La réglementation se concentre sur des espèces soi-disant représentatives et elle ne prend pas en compte les interactions des écosystèmes », regrette-t-elle. « On a des espèces cibles dans la réglementation car il est impossible de tester toutes les espèces », justifie Philippe Michel, de Phyteis.

Pour autant, certaines espèces modèles choisies présentent des limites. « L’espèce modèle de vers de terre utilisée en laboratoire, recommandée par l’OCDE, est un ver de fumier (Eisenia fetida) qu’on ne retrouve pas dans les sols classiques. Or, les espèces présentes dans les sols sont plus sensibles aux pesticides que cette espèce modèle », explique la chercheuse Laure Mamy. Plus généralement, les études réglementaires s’intéressent peu aux juvéniles, souligne-t-elle : « Les études sont faites sur les organismes adultes et beaucoup moins sur des juvéniles, or on sait que les juvéniles sont beaucoup plus sensibles que les adultes. »

Autre faille, probablement la principale : la faible prise en compte des effets sublétaux, c’est-à-dire qui ne causent pas la mort immédiatement, mais peuvent provoquer le déclin d’une espèce. « Ce peut être des atteintes au système immunitaire, la perturbation du vol pour un oiseau, l’augmentation des réflexes de peur ou au contraire des animaux qui n’ont plus peur et qui ne fuient pas… Très peu d’effets sublétaux sont pris en compte dans la réglementation actuelle », affirme Laure Mamy. De même, les effets indirects des pesticides ne sont pas pris en compte, poursuit-t-elle. Par exemple, la raréfaction de nourriture (graines, insectes) due à l’épandage de pesticides qui se répercute sur la chaîne alimentaire et peut provoquer la disparition d’espèces.

Espèces hors des radars

Autre problème : le manque d’objectifs spécifiques de protection (en anglais, "specific protection goals" ou SPGs) selon les espèces. Pour certaines, l’Efsa produit des documents d’orientation ("guidance document") pour cadrer l’évaluation des risques (voir encadré). « Ces documents d’orientation devraient intégrer des SPGs pour préciser l’objectif général du règlement sur les pesticides, à savoir que les pesticides ne doivent pas avoir d’effets "inacceptables" sur l’environnement. Le problème est que ce n’est pas fait », affirme Barbara Berardi (PAN Europe). Par exemple, le document d’orientation révisé de l’Efsa sur les abeilles, publié en 2023, contient un SPG pour les abeilles mellifères, mais pas pour les abeilles solitaires ni pour les bourdons.

D’autres documents d’orientation n’existent pas (il n’y en a pas pour les amphibiens ni pour les reptiles), et d’autres enfin sont obsolètes. Par exemple, celui sur l’écotoxicologie terrestre date de 2002. « Ça veut dire que, pendant des décennies, on a fait des évaluations des risques sur les arthropodes non-ciblés, les vers de terre, etc., qui n’étaient pas du tout en phase, ni avec les cadres législatifs, ni les connaissances scientifiques », s’émeut la responsable biodiversité de PAN Europe.

La mise à jour de ce document d’orientation, lancée en 2024, est très attendue par les ONG. « C’est extrêmement important car il est question de tous les insectes, de tous les organismes qui contribuent à la santé des sols et à la décomposition de la matière organique. C’est vraiment la base de la vie. Si on ne les protège pas assez, tout le reste va s’effondrer. »

Autre trou dans la raquette de l’évaluation des pesticides : les effets cocktails ne sont pas testés en laboratoire alors qu’ils sont monnaie courante sur le terrain. « Qu’il s’agisse de santé humaine ou d’environnement, les substances actives sont évaluées une par une, et donc on ne prend pas en compte les interactions potentielles entre plusieurs pesticides », résume Laure Mamy (Inrae). « Cela est vrai aussi des pesticides avec d’autres contaminants comme les médicaments vétérinaires, les PFAS et les microplastiques. »

Les ONG reconnaissent volontiers qu’il est impossible de tester les effets cocktails, vu l’infinité des combinaisons possibles (voir encadré). « Comme on ne sait pas l’évaluer, et comme c’est impossible à évaluer, il faut qu’on prenne une marge de sécurité plus importante pour s’assurer qu’il n’y ait pas d’effet lié à ces mélanges, mais ce n’est pas fait », indique Pauline Cervan, de Générations futures. L’ONG PAN Europe demande l’application d’un « facteur d’évaluation des mélanges (MAF) » fixé à 10 pour les substances actives et les limites maximales de résidus. Une approche plus complète et plus protectrice que la méthodologie d’évaluation des risques cumulés liés aux pesticides (Cumulative risk assessment of pesticides, CRA) sur laquelle travaillent actuellement l’Efsa et la Commission, selon elle.

Boîte noire des co-formulants

De la même manière, les coformulants présents dans les pesticides échappent largement à l’évaluation des risques car, contrairement aux substances actives, ils ne font pas l’objet d’une procédure européenne d’approbation. « Les coformulants, c’est un peu la boîte noire des pesticides. Ce sont les ingrédients des pesticides qui ne sont ni des substances actives, ni des phytoprotecteurs, ni des adjuvants. C’est une catégorie résiduaire qui n’est pas définie, dans laquelle on met un peu n’importe quoi, et le problème est que ces coformulants peuvent avoir un effet très toxique », explique l’avocat Antoine Bailleux.

Il existe bien une liste de 144 coformulants interdits – augmentée en mai de 12 nouvelles interdictions – car jugés inacceptables selon diverses régulations (CLP, POP, Reach, BPR), mais elle n’est pas du tout exhaustive.

Ainsi, il revient aux États membres d’évaluer les coformulants présents dans les pesticides, dans le cadre d’une demande d’autorisation de mise en marché. Mais dans la pratique, constate l’Efsa dans un atelier technique en 2023, la majorité des États membres ne conduisent pas systématiquement une évaluation toxicologique complète des coformulants. Ils se reposent sur les alertes de danger potentiel (existence d’une fiche de données de sécurité (FDS), d’une classification de danger au titre du règlement CLP) pour mener leur évaluation.

De ce fait, la toxicité à long terme des pesticides n’est pas complètement testée. C’est d’ailleurs un des enjeux de l’application de l’arrêt Blaise de 2019, dans lequel la CJUE indique les États membres doivent « vérifier » que la toxicité à long terme des pesticides est évaluée.

LM