Poulets de chair : de nouvelles études prometteuses sur une maladie émergente au sein des élevages

C’est en suivant la littérature scientifique que Pascale Serror, directrice de recherche dans l’unité MICrobiologie de l'ALImentation au service de la Santé à INRAE, a remarqué l’augmentation de l’incidence de la bactérie Enterococcus cecorum chez les poulets de chair. Multipliée par cent en quinze ans, elle affecte le squelette des animaux dans les élevages conventionnels. Selon la directrice de recherche, « toutes les données de la littérature laissent à penser que l’incidence est probablement liée aux pratiques d’élevage ». Parmi elles figurent la densité des troupeaux, le manque de diversité génétique, un manque d’accès à l’extérieur et une période de vide sanitaire trop courte entre deux lots.

L’étude, menée par Pascale Serror et Isabelle Kempf, cheffe de l’unité de Mycoplasmologie-bactériologie-antibiorésistance (MBA) du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’ANSES, a été publiée le 16 février dans les revues scientifiques mSphere et Journal of Clinical Microbiology. 

Vers de probables outils de détection

Les chercheurs se sont d’abord penchés sur la diversité génétique des différents variants d’Enterococcus cecorum présents dans les élevages français en étudiant une centaine d’échantillons isolés d’animaux malades. La bactérie est naturellement présente dans l’intestin des volailles adultes, mais des souches pathogènes plus virulentes peuvent être présentes chez les animaux plus jeunes. Les équipes scientifiques ont identifié six gènes permettant de « définir si une souche appartient plutôt à un variant pathogène ou non-pathogène », explique Pascale Serror. Selon l’étude, ces biomarqueurs potentiels permettent de « fiabiliser l’identification avec un taux de succès de 94% ». Cela pourrait être à l’avenir un outil de lutte et de prévention pour les élevages touchés par des infections récurrentes.

Dans un deuxième temps, les équipes de recherche ont pu tester les résistances aux antibiotiques de plusieurs souches d’Enterococcus cecorum. « Pour l’instant, la famille d’antibiotiques la plus utilisée reste efficace pour traiter cette pathologie et il y a très peu de résistance aux antibiotiques utilisés en médecine humaine », rassure la chercheuse.

Ces travaux ont permis d’acquérir une meilleure connaissance des souches à traquer et à cibler pour développer soit des outils de détection et de prédiction, soit une approche vaccinale en prévention. « Le problème est qu’au moment où on détecte la maladie, cela peut déjà être trop tard pour que le traitement soit efficace », souligne Pascale Serror. « La détection précoce pourrait devenir un enjeu pour les élevages ». La chercheuse envisage plusieurs pistes. « Par exemple, des travaux sur le microbiote intestinal des poussins », ou encore « utiliser des virus bactériophages pour cibler des souches en particulier ».