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Jusqu'alors ministre déléguée de l'Agriculture, Agnès Pannier-Runacher a été nommée le 21 septembre, ministre de la Transition écologique, de l’Energie, du Climat et de la Prévention des risques. «L'écologie que je veux porter ne sera pas seulement ambitieuse. Elle sera aussi populaire pour permettre à tous de vivre mieux», a réagi sur Twitter la haute-fonctionnaire de formation, élue députée pour la première fois en juillet à Arras. Agnès Pannier-Runacher était arrivée Rue de Varenne en février, durant les mobilisations d'agriculteurs de l'hiver, en soutien du titulaire Marc Fesneau ; elle a notamment repris le dossier Ecophyto, prenant l'initiative, un mois après son arrivée, de lancer un travail de recherche des distorsions de concurrence avec les autres Etats-membres, promettant le cas échant des demandes de reconnaissances mutuelle d’AMM (autorisation de mise sur le marché), «d’extension d’usage», d'AMM de portée limitée» ou de dérogations. Quelques mois plus tard, le ministère annonçait qu'une centaine de dossiers avaient été déposés, dans ce cadre, par des industriels, et étaient en cours d’instruction auprès de l'Anses (agence sanitaire). Elle laisse deux dossiers inachevés: la réforme de la séparation de la vente et du conseil des pesticides, pour lequel un rapport du CGAAER lui a été remis, et qui devait voir le jour sous la forme d'un projet de loi ; et les travaux sur Egalim 4, pour lesquels les députés Babault et Izard n'avaient pu lui rendre leur rapport avant la dissolution, et leur échec aux législatives.