Conformément à l'article 61 de son règlement fondateur (178/2002), l'AESA est tenue de commander tous les six ans une évaluation externe des résultats qu’elle a obtenus. Cette analyse indépendante évalue les pratiques de travail et l'impact global de l'Autorité. Elle tient compte des avis des parties intéressées (institutions européennes, industrie, consommateurs, agriculteurs, distributeurs, ONG, scientifiques, etc..) tant au niveau européen qu’au niveau national. Le conseil d'administration de l'AESA émet ensuite, à l'attention de la Commission européenne, des recommandations de changements au niveau de l'Autorité et de ses pratiques de travail. La première évaluation a été effectuée en 2005. Cette seconde évaluation a été menée par le consultant Ernst & Young en 2011 qui a été mandaté par le Conseil d'administration de l'AESA en accord avec la Commission européenne. L'étude couvre les travaux de l'AESA de janvier 2006 à décembre 2010 et a été étendue afin d'inclure l'adoption de la politique en matière d’indépendance et de processus décisionnels scientifiques de l'Autorité en décembre 2011.
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