Dans leurs rapports séparés sur «l'évaluation des moyens publics et pratiques dommageables à la biodiversité», le CGAAER (ministère de l'Agriculture) et l'IGEDD (Transition écologique) et l'IGF (Finances) livrent des chiffrages différents, qui s'expliquent en grande partie par la méthodologie et les indicateurs, le périmètre d'étude étant quant à lui comparable, entre 31 et 32 milliards d'euros. Le CGAAER estime que 1,3 Md€ de subventions seulement, essentiellement les défiscalisations de carburants, sont «dommageables». Mais il ne considère que celles qui le seraient de manière avérée, voire «tranchée, par rapport une situation théorique de référence «sans subvention». De son côté, l'IGF et l'IGEDD recense 8,3 Md€ de concours publics «à approfondir en priorité car finançant potentiellement des pratiques dommageables à la biodiversité», dont deux tiers des fonds européens, la moitié des dépenses fiscales. Considérant qu'«aucune étude n’évalue l’impact d’une absence totale d’aides publiques», l'IGF et l'IGEDD effectuent leur calcul par rapport à un scénario d'atteinte des objectifs de la Stratégie nationale biodiversité (SNB), pour «permettre la réorientation d’aides publiques dont l’efficacité est questionnée au regard de leurs résultats». Dans un premier rapport en 2022, l'IGF et le CGEDD avaient estimé à 9,6 milliards d'euros les subventions agricoles «dommageables» à la biodiversité.
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