Issues de la fusion de la DGFAR et de la DGPEI, la direction générale des politiques agricoles et agroalimentaires et des territoires (DGPAAT) doit s’organiser autour de quatre services : production agricole, forêt, stratégie agro-industrielle et développement durable, affaires européennes et internationales. S’y adjoindrait une sous direction de la gouvernance et des établissements publics chargée de regrouper les « missions éparses », selon les syndicats. Certains services des deux DG vont quitter la DGPAAT car ils ne rentrent pas dans son nouveau périmètre. Le service des nouvelles de marchés, actuellement intégré dans la DGPEI, rejoindrait FranceAgriMer, le futur office unique basé à Montreuil.
La sous-direction de l’évaluation et de la prospective de la DGPEI partirait quant à elle au secrétariat général.
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Celui-ci subirait également des modifications importantes, avec notamment une direction des affaires financières transformée en service.
Les décrets régissant ces changements devraient paraître d’ici un mois à un mois et demi au journal officiel.